MyGene.info 开源项目教程

1. 项目目录结构及介绍

MyGene.info 是一个用于访问基因注释信息的 Web API，它属于 BioThings API 系列的一部分。以下是项目的目录结构及其简要介绍：

mygene.info/ # 项目根目录
├── .github/          # GitHub 工作流文件
├── docs/             # 项目文档
├── src/              # 源代码目录
│   ├── config.py     # 配置文件
│   ├── index.py      # 启动文件
│   └── ...           # 其他源代码文件
├── static/           # 静态文件目录
├── .gitignore        # Git 忽略文件
├── .hgignore         # Mercurial 忽略文件
├── CHANGES.txt       # 项目更新日志
├── LICENSE           # 项目许可证
├── README.md         # 项目说明文件
├── pyproject.toml    # Python 项目配置文件
├── requirements_dev.txt # 开发环境依赖
├── requirements_hub.txt # Hub 环境依赖
└── requirements_web.txt # Web 环境依赖

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件位于 src/index.py。这个文件负责初始化和运行 MyGene.info 的 Web 服务。以下是启动文件的基本内容：

# 导入必要的模块
from flask import Flask
from mygene.info import create_app

# 创建 Flask 应用实例
app = create_app()

# 如果是直接运行此文件，则启动 Flask 应用
if __name__ == "__main__":
    app.run()

启动文件使用了 Flask 框架，通过 create_app 函数创建应用实例，并在直接运行此文件时启动服务。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于 src/config.py。这个文件包含了项目运行所需的配置信息，例如数据库连接信息、API 密钥等。以下是配置文件的基本结构：

# 导入必要的模块
from os import environ

# 基础配置
class Config:
    # 设置 Flask 应用配置
    SECRET_KEY = 'your_secret_key'
    # 设置数据库配置
    SQLALCHEMY_DATABASE_URI = 'sqlite:///your_database.db'
    # 其他配置项...

# 开发环境配置
class DevelopmentConfig(Config):
    DEBUG = True

# 生产环境配置
class ProductionConfig(Config):
    DEBUG = False

# 可以根据需要添加更多的配置类

在配置文件中，通常会有一个基础配置类 Config，以及针对不同运行环境的配置类，如 DevelopmentConfig 和 ProductionConfig。开发者可以根据实际需求修改和扩展这些配置项。