【亲测免费】 GetBox-PyMOL-插件技术文档

安装指南

下载插件

首先，从GitHub项目页面下载最新版本的GetBox-PyMOL-Plugin插件压缩包。下载地址为：

GetBox-PyMOL-Plugin.v20180204.zip

安装步骤

1. 打开PyMOL软件。
2. 进入菜单栏，选择Plugin -> Plugin Manager。
3. 在Plugin Manager中，选择Install New Plugin。
4. 找到并选择下载的GetBox Plugin.py文件。
5. 安装完成后，重启PyMOL。
6. 重启后，在PyMOL的Plugin菜单中会看到一个新的菜单项GetBox Plugin，表示安装成功。

项目使用说明

背景介绍

GetBox-PyMOL-Plugin是一个用于计算LeDock、AutoDock和AutoDock Vina对接盒子的PyMOL插件。该插件由Mengwu Xiao（湖南大学）开发，并于2014年7月30日首次上传至BioMS论坛。

主要功能

1. 自动检测盒子：通过点击鼠标或使用代码autobox 5.0自动检测盒子。
2. 从选择中获取盒子：选择配体或残基后，点击菜单或使用代码getbox (sele), 5.0获取盒子。
3. 高级用法：通过命令行模式进行更灵活的操作。

使用示例

• 自动检测盒子：

  autobox 5.0
  

• 从选择中获取盒子：

  getbox (sele), 5.0
  

• 高级用法：

  resibox resi 214+226+245, 8.0
  showbox 2,3,4,5,6,7
  

项目API使用文档

主要API函数

1. autobox：自动检测盒子。

   autobox [extending]
   

2. getbox：根据选择的对象获取盒子。

   getbox [selection = (sele), [extending = 5.0]]
   

3. resibox：根据输入的残基获取盒子。

   resibox [Residues String, [extending = 5.0]]
   

4. showbox：根据输入的坐标显示盒子。

   showbox [minX, maxX, minY, maxY, minZ, maxZ]
   

示例代码

• 自动检测盒子：

  autobox
  

• 从选择中获取盒子：

  getbox (sele), 6.0
  

• 根据残基获取盒子：

  resibox resi 234 + resn HEM, 6.0
  

• 显示盒子：

  showbox 2,3,4,5,6,7
  

项目安装方式

安装步骤

1. 下载插件压缩包。
2. 打开PyMOL，进入Plugin -> Plugin Manager。
3. 选择Install New Plugin，找到并选择GetBox Plugin.py文件。
4. 安装完成后，重启PyMOL。
5. 重启后，在PyMOL的Plugin菜单中会看到一个新的菜单项GetBox Plugin，表示安装成功。

注意事项

• 确保PyMOL版本支持插件安装。
• 安装过程中如有问题，请参考项目Wiki或联系开发者。

通过以上步骤，您可以顺利安装并使用GetBox-PyMOL-Plugin插件，进行对接盒子的计算和分析。