Oncoscape 开源项目教程

1. 项目介绍

Oncoscape 是一个基于网络的生物信息学应用，提供了一个集成的分析工具套件，用于探索与分子和临床数据相关的假设，以便更好地理解癌症生物学和治疗选择。该应用作为一个单页应用程序（SPA）运行，前端使用 JavaScript，后端主要使用 R 语言进行统计分析。Oncoscape 由 Fred Hutchinson 癌症研究中心开发，旨在通过在线门户网站为临床医生和研究人员提供直接访问数据和方法的途径，从而节省他们处理文件和安装不同软件包的时间。

2. 项目快速启动

以下是快速启动 Oncoscape 的步骤：

首先，确保您的系统中已安装以下依赖项：

• Node.js
• Docker

然后，按照以下步骤操作：

# 克隆项目仓库
git clone https://github.com/FredHutch/Oncoscape.git
cd Oncoscape

# 安装项目依赖
npm install

# 构建前端
npm run build

# 启动 Docker 容器
docker-compose up

启动后，您应该能在浏览器中通过 http://localhost:8080 访问 Oncoscape 应用。

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

Oncoscape 可以用于多种场景，包括但不限于：

• 研究人员探索基因表达数据与疾病状态之间的关系。
• 临床医生寻找针对特定患者群体的个性化治疗策略。

最佳实践

• 在使用 Oncoscape 进行数据分析之前，请确保您理解应用中的各个分析工具和它们的使用场景。
• 对于复杂数据集，建议先在本地环境中进行初步探索，再使用 Oncoscape 进行深入分析。
• 鼓励用户在 GitHub 仓库中创建问题和功能请求，以促进社区合作和项目发展。

4. 典型生态项目

Oncoscape 作为生物信息学领域的一个开源项目，其生态系统中包含了多个相关项目，例如：

• TCGAbiolinks：一个 R 包，用于访问和探索癌症基因组图谱（TCGA）数据。
• Bioconductor：一个 R 软件包的仓库，专注于生物信息学分析。

这些项目可以与 Oncoscape 配合使用，以提供更全面的数据分析解决方案。