InstanSeg 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

InstanSeg 项目是基于 PyTorch 的细胞和核分割管道，适用于荧光和亮场显微镜图像。以下是项目的目录结构及其介绍：

• assets/: 存储项目所需的静态资源，如示例图片等。
• docs/: 包含项目文档的源文件。
• instanseg/: 项目的主要代码目录，包含模型定义、数据处理和工具函数等。
• notebooks/: 包含用于数据加载、模型训练和测试的 Jupyter 笔记本。
• tests/: 包含项目的单元测试代码。
• .gitignore: 指定 Git 忽略的文件和目录。
• LICENSE: 项目的 Apache-2.0 许可证文件。
• README.md: 项目说明文件。
• pyproject.toml: 包含项目元数据和依赖关系的配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 instanseg/instanseg.py，该文件定义了 InstanSeg 类，它是使用和操作项目的主要接口。以下是一个简单的启动示例：

from instanseg import InstanSeg

# 创建一个用于亮场核分割的实例
instanseg_brightfield = InstanSeg("brightfield_nuclei", image_reader="tiffslide", verbosity=1)

# 对图像进行评估并保存输出
labeled_output = instanseg_brightfield.eval(image="path/to/image.tif", save_output=True, save_overlay=True)

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要包括 pyproject.toml，它定义了项目的依赖和元数据。以下是一个配置文件的示例：

[build-system]
requires = ["setuptools", "wheel"]

[tool.setuptools]
packages = find:
install-requires = [
    "torch",
    "torchvision",
    "monai",
    # 其他依赖
]

[metadata]
name = "instanseg-torch"
version = "0.1.0"
description = "A PyTorch-based cell and nucleus segmentation pipeline"
long_description = "..."
long_description_content_type = "text/markdown"
author = "Your Name"
author_email = "[e-mail]"
classifiers = [
    "Programming Language :: Python :: 3",
    "License :: OSI Approved :: Apache Software License",
    # 其他分类
]

这个配置文件指定了项目的基本信息和依赖关系，以便于用户安装和使用项目。在使用项目之前，用户需要确保所有依赖都已正确安装。