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Tellurium 项目安装与使用教程

2024-10-10 21:41:07作者:董斯意
tellurium
Python Environment for Modeling and Simulating Biological Systems

1. 项目目录结构及介绍

Tellurium 项目的目录结构如下:

tellurium/
├── docs/
├── examples/
├── installer/
├── misc/
├── scripts/
├── spyder_mod/
├── tellurium/
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── readthedocs.yaml
├── travis.yml
├── CONTRIBUTING.rst
├── LICENSE.txt
├── MANIFEST.in
├── NEWS.txt
├── NOTICE.txt
├── README.md
├── VirtualEnv.md
├── bld.bat
├── build.sh
├── clean.sh
├── meta.yaml
├── requirements.txt
├── roadrunner.conf
├── setup.py
└── tox.ini

目录介绍

  • docs/: 存放项目的文档文件。
  • examples/: 存放项目的示例代码。
  • installer/: 存放项目的安装脚本和相关文件。
  • misc/: 存放项目的杂项文件。
  • scripts/: 存放项目的脚本文件。
  • spyder_mod/: 存放与 Spyder IDE 相关的模块和文件。
  • tellurium/: 存放 Tellurium 的核心代码。
  • .gitattributes: Git 属性配置文件。
  • .gitignore: Git 忽略文件配置。
  • readthedocs.yaml: ReadTheDocs 配置文件。
  • travis.yml: Travis CI 配置文件。
  • CONTRIBUTING.rst: 贡献指南文件。
  • LICENSE.txt: 项目许可证文件。
  • MANIFEST.in: 打包清单文件。
  • NEWS.txt: 项目更新日志文件。
  • NOTICE.txt: 项目通知文件。
  • README.md: 项目介绍和使用说明文件。
  • VirtualEnv.md: 虚拟环境配置说明文件。
  • bld.bat: Windows 平台下的构建脚本。
  • build.sh: Linux/Mac 平台下的构建脚本。
  • clean.sh: 清理脚本。
  • meta.yaml: 元数据配置文件。
  • requirements.txt: 项目依赖文件。
  • roadrunner.conf: RoadRunner 配置文件。
  • setup.py: Python 项目安装脚本。
  • tox.ini: Tox 配置文件。

2. 项目启动文件介绍

Tellurium 项目的启动文件主要是 setup.pybuild.sh/bld.bat

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本,用于配置项目的元数据、依赖项和安装过程。通过运行 python setup.py install 可以安装 Tellurium 项目。

build.shbld.bat

build.shbld.bat 分别是 Linux/Mac 和 Windows 平台下的构建脚本。这些脚本用于编译和构建项目,确保项目在不同平台上的兼容性。

3. 项目的配置文件介绍

Tellurium 项目的配置文件主要包括以下几个:

readthedocs.yaml

readthedocs.yaml 是 ReadTheDocs 的配置文件,用于配置文档的构建和部署。

travis.yml

travis.yml 是 Travis CI 的配置文件,用于配置持续集成和自动化测试。

requirements.txt

requirements.txt 列出了项目所需的 Python 依赖包,通过 pip install -r requirements.txt 可以安装这些依赖。

roadrunner.conf

roadrunner.conf 是 RoadRunner 的配置文件,用于配置 RoadRunner 的行为和参数。

tox.ini

tox.ini 是 Tox 的配置文件,用于配置项目的测试环境和测试命令。

通过这些配置文件,Tellurium 项目可以在不同的环境中进行构建、测试和部署,确保项目的稳定性和可维护性。

tellurium
Python Environment for Modeling and Simulating Biological Systems
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