Cytoscape.js 使用指南

2024-09-14 22:04:57作者：戚魁泉Nursing

1. 项目介绍

Cytoscape.js 是一个强大的开源图论（网络）库，用于可视化和分析复杂的交互式图形。它由多伦多大学的 Donnelly 中心创建，是 Cytoscape Web 的后继者。Cytoscape.js 支持多种图论用例，包括有向图、无向图、混合图、循环图、多重图、复合图（超图的一种）等。该库还支持用户与图形的交互，包括缩放、平移、框选等标准手势。

Cytoscape.js 的核心功能包括：

轻松显示和操作丰富的交互式图形。
支持多种图论算法，如 BFS、PageRank 等。
内置支持标准手势，如捏合缩放、框选、平移等。
高度优化，无外部依赖。
支持现代浏览器和部分旧版浏览器。

2. 项目快速启动

安装

你可以通过 npm 或直接在 HTML 中引入 Cytoscape.js 来安装和使用它。

通过 npm 安装

npm install cytoscape

在 HTML 中引入

<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/cytoscape/3.21.1/cytoscape.min.js"></script>

基本使用

以下是一个简单的示例，展示如何在 HTML 页面中使用 Cytoscape.js 创建一个基本的图形。

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
  <title>Cytoscape.js 示例</title>
  <script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/cytoscape/3.21.1/cytoscape.min.js"></script>
</head>
<body>
  <div id="cy" style="width: 100%; height: 100%;"></div>
  <script>
    var cy = cytoscape({
      container: document.getElementById('cy'),
      elements: [
        { data: { id: 'a' } },
        { data: { id: 'b' } },
        { data: { id: 'ab', source: 'a', target: 'b' } }
      ],
      style: [
        {
          selector: 'node',
          style: {
            'background-color': '#666',
            'label': 'data(id)'
          }
        },
        {
          selector: 'edge',
          style: {
            'width': 3,
            'line-color': '#ccc',
            'target-arrow-color': '#ccc',
            'target-arrow-shape': 'triangle'
          }
        }
      ],
      layout: {
        name: 'grid',
        rows: 1
      }
    });
  </script>
</body>
</html>

运行

将上述代码保存为一个 HTML 文件，然后在浏览器中打开它。你将看到一个包含两个节点和一个边的简单图形。

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

Cytoscape.js 广泛应用于生物信息学、网络分析、社交网络分析等领域。以下是一些常见的应用案例：

生物信息学：用于基因网络、蛋白质相互作用网络的可视化和分析。
网络分析：用于分析和可视化复杂网络，如社交网络、通信网络等。
知识图谱：用于构建和可视化知识图谱，帮助用户理解和探索知识之间的关系。

最佳实践

性能优化：对于大型图形，建议使用 cy.batch() 批量修改元素，避免频繁的 DOM 操作。
样式定制：通过 cy.style() 函数可以动态修改图形的样式，适应不同的展示需求。
事件处理：使用 cy.on() 和 cy.emit() 函数可以方便地处理用户交互事件，如点击、拖动等。

4. 典型生态项目

Cytoscape.js 拥有丰富的生态系统，以下是一些典型的生态项目：

RCyjs：用于在 R 语言中使用 Cytoscape.js 进行图形分析和可视化。
React-Cytoscapejs：一个 React 组件，用于在 React 应用中集成 Cytoscape.js。
Cytosnap：一个 Node.js 包，用于在服务器端渲染 Cytoscape.js 图形。

这些生态项目进一步扩展了 Cytoscape.js 的功能，使其能够更好地与其他工具和框架集成，满足更复杂的应用需求。

通过本文档，你应该已经对 Cytoscape.js 有了基本的了解，并能够快速上手使用它。希望你能利用 Cytoscape.js 构建出强大的图形应用！

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