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staramr 项目教程

2024-09-12 02:46:46作者:蔡丛锟

1. 项目目录结构及介绍

staramr 项目的目录结构如下:

staramr/
├── bin/
├── doc/
│   └── tutorial/
├── images/
├── scripts/
├── staramr/
├── .gitignore
├── mypy.ini
├── CHANGELOG.md
├── CITATIONS.bib
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── NOTICE
├── README.md
├── setup.cfg
├── setup.py

目录介绍

  • bin/: 存放可执行脚本文件。
  • doc/: 存放项目文档,特别是 tutorial/ 目录下有详细的教程文档。
  • images/: 存放项目相关的图片资源。
  • scripts/: 存放项目运行时所需的脚本文件。
  • staramr/: 项目的主要代码库,包含核心功能的实现。
  • .gitignore: Git 忽略文件配置。
  • mypy.ini: Mypy 静态类型检查配置文件。
  • CHANGELOG.md: 项目更新日志。
  • CITATIONS.bib: 项目引用文献。
  • LICENSE: 项目许可证文件。
  • MANIFEST.in: Python 包清单文件。
  • NOTICE: 项目通知文件。
  • README.md: 项目介绍和使用说明。
  • setup.cfg: Python 包配置文件。
  • setup.py: Python 包安装脚本。

2. 项目启动文件介绍

staramr 项目的启动文件主要是 staramr/ 目录下的 Python 脚本。以下是主要的启动文件:

  • staramr/main.py: 这是项目的入口文件,包含了主要的命令行接口和功能逻辑。
  • staramr/search.py: 负责搜索和分析基因组序列文件,查找抗菌药物耐药性基因。
  • staramr/database.py: 管理数据库的更新和恢复操作。

启动步骤

  1. 安装项目依赖:

    pip install staramr
    
  2. 运行项目:

    staramr search -o out *fasta
    

    该命令会搜索指定的 FASTA 文件,并将结果输出到 out/ 目录。

3. 项目的配置文件介绍

staramr 项目的配置文件主要包括以下几个:

  • setup.cfg: 包含了 Python 包的配置信息,如包的元数据、依赖项等。
  • mypy.ini: 用于配置 Mypy 静态类型检查工具的选项。
  • .gitignore: 指定 Git 版本控制系统忽略的文件和目录。

setup.cfg

setup.cfg 文件的主要内容如下:

[metadata]
name = staramr
version = 1.0.0
description = Scans bacterial genome contigs against the ResFinder, PointFinder, and PlasmidFinder databases
author = Public Health Agency of Canada
author_email = nml@phac-aspc.gc.ca
license = Apache-2.0

mypy.ini

mypy.ini 文件的主要内容如下:

[mypy]
python_version = 3.7
ignore_missing_imports = True

.gitignore

.gitignore 文件的主要内容如下:

*.pyc
__pycache__/
*.egg-info/
dist/
build/

这些配置文件确保了项目的正确安装、运行和版本控制。

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