staramr 项目教程

1. 项目目录结构及介绍

staramr 项目的目录结构如下：

staramr/
├── bin/
├── doc/
│   └── tutorial/
├── images/
├── scripts/
├── staramr/
├── .gitignore
├── mypy.ini
├── CHANGELOG.md
├── CITATIONS.bib
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── NOTICE
├── README.md
├── setup.cfg
├── setup.py

目录介绍

• bin/: 存放可执行脚本文件。
• doc/: 存放项目文档，特别是 tutorial/ 目录下有详细的教程文档。
• images/: 存放项目相关的图片资源。
• scripts/: 存放项目运行时所需的脚本文件。
• staramr/: 项目的主要代码库，包含核心功能的实现。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• mypy.ini: Mypy 静态类型检查配置文件。
• CHANGELOG.md: 项目更新日志。
• CITATIONS.bib: 项目引用文献。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• MANIFEST.in: Python 包清单文件。
• NOTICE: 项目通知文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• setup.cfg: Python 包配置文件。
• setup.py: Python 包安装脚本。

2. 项目启动文件介绍

staramr 项目的启动文件主要是 staramr/ 目录下的 Python 脚本。以下是主要的启动文件：

• staramr/main.py: 这是项目的入口文件，包含了主要的命令行接口和功能逻辑。
• staramr/search.py: 负责搜索和分析基因组序列文件，查找抗菌药物耐药性基因。
• staramr/database.py: 管理数据库的更新和恢复操作。

启动步骤

1. 安装项目依赖：

   pip install staramr
   

2. 运行项目：

   staramr search -o out *fasta
   

   该命令会搜索指定的 FASTA 文件，并将结果输出到 out/ 目录。

3. 项目的配置文件介绍

staramr 项目的配置文件主要包括以下几个：

• setup.cfg: 包含了 Python 包的配置信息，如包的元数据、依赖项等。
• mypy.ini: 用于配置 Mypy 静态类型检查工具的选项。
• .gitignore: 指定 Git 版本控制系统忽略的文件和目录。

setup.cfg

setup.cfg 文件的主要内容如下：

[metadata]
name = staramr
version = 1.0.0
description = Scans bacterial genome contigs against the ResFinder, PointFinder, and PlasmidFinder databases
author = Public Health Agency of Canada
author_email = [e-mail]
license = Apache-2.0

mypy.ini

mypy.ini 文件的主要内容如下：

[mypy]
python_version = 3.7
ignore_missing_imports = True

.gitignore

.gitignore 文件的主要内容如下：

*.pyc
__pycache__/
*.egg-info/
dist/
build/

这些配置文件确保了项目的正确安装、运行和版本控制。