ImmuneBuilder项目启动与配置教程

1. 项目目录结构及介绍

ImmuneBuilder项目的目录结构如下：

• .github/：存放GitHub工作流程文件，如自动化测试、构建等。
• data/：包含项目所需的数据文件。
• notebook/：包含Jupyter笔记本文件，可用于数据探索和模型训练。
• LICENSE：项目的许可证文件，本项目采用BSD-3-Clause协议。
• MANIFEST.in：用于指定打包时包含的文件。
• README.md：项目的自述文件，包含项目介绍、使用方法和安装说明等。
• setup.py：Python项目的设置文件，用于定义包的内容和依赖。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要是通过Python脚本实现的。以下是几个关键的启动文件：

• ABodyBuilder2.py：抗体结构预测模型的Python脚本。
• NanoBodyBuilder2.py：纳米体结构预测模型的Python脚本。
• TCRBuilder2.py：T细胞受体结构预测模型的Python脚本。

这些脚本通常包含以下步骤：

1. 导入所需的库和模块。
2. 定义模型类，其中包含模型的初始化、预测和保存结果的方法。
3. 通过命令行或Python API调用模型进行预测。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置主要通过Python脚本的参数设置来实现。以下是一些配置选项：

• --fasta_file：指定包含序列的FASTA文件。
• --output_file：指定输出文件的名称和路径。
• --original_weights：使用原始模型权重（对于TCRBuilder2）。

在配置模型时，可以通过以下方式：

1. 修改脚本中的参数。
2. 使用命令行参数在运行时指定配置。

例如，以下是一个使用命令行参数进行抗体结构预测的示例：

ABodyBuilder2 --fasta_file my_antibody.fasta --output_file my_antibody.pdb

确保在运行任何脚本之前，已经正确安装了所有依赖项，并且按照README.md中的说明进行了操作。