MOB-suite 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

MOB-suite 项目的目录结构如下：

mob-suite/
├── github/
│   └── workflows/
├── mob_suite/
│   ├── __init__.py
│   ├── mob_cluster.py
│   ├── mob_init.py
│   ├── mob_recon.py
│   ├── mob_typer.py
│   └── ...
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── setup.py
└── ...

目录结构介绍

• github/workflows/: 包含 GitHub Actions 的工作流配置文件。
• mob_suite/: 包含 MOB-suite 的核心代码文件，如 mob_cluster.py, mob_init.py, mob_recon.py, mob_typer.py 等。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件，采用 Apache-2.0 许可证。
• MANIFEST.in: 用于指定在打包时需要包含的非 Python 文件。
• README.md: 项目的介绍文档，包含项目的概述、安装方法、使用说明等。
• setup.py: 项目的安装脚本，用于通过 pip 或 conda 安装 MOB-suite。

2. 项目启动文件介绍

MOB-suite 项目的主要启动文件位于 mob_suite/ 目录下，主要包括以下几个文件：

• mob_cluster.py: 用于创建质粒相似性组，使用 Mash 进行快速基因组距离估计，并使用完全链接聚类将质粒分组。
• mob_init.py: 用于初始化数据库，首次运行 mob_typer 或 mob_recon 时会自动调用此脚本下载和设置数据库。
• mob_recon.py: 用于从草稿基因组组装中重建单个质粒序列，并提供完整的类型信息。
• mob_typer.py: 用于预测质粒的复制子家族、松弛酶类型、配对形成类型和预测的可转移性。

启动文件使用方法

以 mob_recon.py 为例，启动方法如下：

python mob_suite/mob_recon.py -i input_assembly.fasta -o output_directory

3. 项目配置文件介绍

MOB-suite 项目没有明确的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。例如，在运行 mob_recon.py 时，可以通过 -i 参数指定输入文件，通过 -o 参数指定输出目录。

常用配置参数

• -i: 指定输入的基因组组装文件（FASTA 格式）。
• -o: 指定输出目录。
• --mge_report_file: 在 mob_typer.py 中，指定输出 MGE（移动遗传元件）报告文件。

示例

python mob_suite/mob_typer.py -i input_plasmid.fasta -o output_directory --mge_report_file mge_report.txt

以上命令将使用 mob_typer.py 对输入的质粒序列进行类型预测，并将 MGE 报告输出到 mge_report.txt 文件中。

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通过以上教程，您可以了解 MOB-suite 项目的目录结构、启动文件和配置方法，从而更好地使用该项目进行质粒的聚类、重建和类型预测。