首页
/ ChromosomeMappings项目使用教程

ChromosomeMappings项目使用教程

2025-04-17 19:46:51作者:晏闻田Solitary

1. 项目目录结构及介绍

ChromosomeMappings项目包含以下目录和文件:

  • .gitignore:指定Git应该忽略的文件和目录。
  • BDGP6_UCSC2ensembl.txt:果蝇基因组BDGP6版本中UCSC到Ensembl的染色体名称映射。
  • BDGP6_ensembl2UCSC.txt:果蝇基因组BDGP6版本中Ensembl到UCSC的染色体名称映射。
  • ...(类似文件,包含不同基因组版本的染色体名称映射)。
  • LICENSE:项目使用的MIT许可证文件。
  • README.md:项目的说明文件。
  • ...(其他基因组版本的映射文件)。

每个.txt文件都包含了两种基因组命名系统之间的染色体名称映射,格式为两列,第一列为来源系统的染色体名称,第二列为目标系统的染色体名称。

2. 项目的启动文件介绍

ChromosomeMappings项目中,并没有特定的启动文件。该项目主要是提供了一系列的染色体名称映射数据,供其他程序或脚本使用。用户可以根据需要,将这些映射数据集成到自己的生物信息学分析流程中。

3. 项目的配置文件介绍

本项目不包含特定的配置文件。映射文件本身即是数据文件,用户无需配置即可使用。如果用户需要将这些映射数据应用到自己的项目中,可能需要在脚本或程序中指定映射文件的路径。例如,如果使用UpdateContigNames命令行工具来更新染色体名称,可能需要以下配置:

❯ cvbio UpdateContigNames \
  -i input_file.gtf \
  -o output_file.gtf \
  -m path_to/GRCh38_ensembl2UCSC.txt \
  --comment-chars '#' \
  --columns 0 \
  --skip-missing false

在上面的命令中,-m参数后面的path_to/GRCh38_ensembl2UCSC.txt是映射文件的路径,用户需要将其替换为映射文件的实际存储路径。其他参数用于指定输入文件、输出文件、注释字符、操作的列以及如何处理缺失的映射项。

登录后查看全文

热门内容推荐

项目优选

收起
leetcodeleetcode
🔥LeetCode solutions in any programming language | 多种编程语言实现 LeetCode、《剑指 Offer(第 2 版)》、《程序员面试金典(第 6 版)》题解
Java
51
15
RuoYi-Vue3RuoYi-Vue3
🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统
Vue
535
406
openGauss-serveropenGauss-server
openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management system
C++
63
145
ohos_react_nativeohos_react_native
React Native鸿蒙化仓库
C++
120
207
cherry-studiocherry-studio
🍒 Cherry Studio 是一款支持多个 LLM 提供商的桌面客户端
TypeScript
397
37
Cangjie-ExamplesCangjie-Examples
本仓将收集和展示高质量的仓颉示例代码,欢迎大家投稿,让全世界看到您的妙趣设计,也让更多人通过您的编码理解和喜爱仓颉语言。
Cangjie
297
1.03 K
openHiTLSopenHiTLS
旨在打造算法先进、性能卓越、高效敏捷、安全可靠的密码套件,通过轻量级、可剪裁的软件技术架构满足各行业不同场景的多样化要求,让密码技术应用更简单,同时探索后量子等先进算法创新实践,构建密码前沿技术底座!
C
98
251
HarmonyOS-ExamplesHarmonyOS-Examples
本仓将收集和展示仓颉鸿蒙应用示例代码,欢迎大家投稿,在仓颉鸿蒙社区展现你的妙趣设计!
Cangjie
358
342
CS-BooksCS-Books
🔥🔥超过1000本的计算机经典书籍、个人笔记资料以及本人在各平台发表文章中所涉及的资源等。书籍资源包括C/C++、Java、Python、Go语言、数据结构与算法、操作系统、后端架构、计算机系统知识、数据库、计算机网络、设计模式、前端、汇编以及校招社招各种面经~
50
5
金融AI编程实战金融AI编程实战
为非计算机科班出身 (例如财经类高校金融学院) 同学量身定制,新手友好,让学生以亲身实践开源开发的方式,学会使用计算机自动化自己的科研/创新工作。案例以量化投资为主线,涉及 Bash、Python、SQL、BI、AI 等全技术栈,培养面向未来的数智化人才 (如数据工程师、数据分析师、数据科学家、数据决策者、量化投资人)。
Jupyter Notebook
51
54