ARMOR 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

ARMOR 项目的目录结构如下：

ARMOR/
├── github/workflows/
├── envs/
├── example_data/
├── img/
├── scripts/
├── Renviron
├── LICENSE
├── NEWS
├── README.md
├── Snakefile
├── config.yaml
└── version

目录结构介绍

• github/workflows/: 包含 GitHub Actions 的工作流文件。
• envs/: 包含 Conda 环境文件 (environment.yaml)，用于定义项目的依赖环境。
• example_data/: 包含示例数据，用于测试和演示项目。
• img/: 包含项目相关的图像文件。
• scripts/: 包含用于质量控制、预处理和差异表达分析的 R 脚本。
• Renviron: R 环境配置文件。
• LICENSE: 项目的许可证文件，采用 MIT 许可证。
• NEWS: 项目更新日志。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• Snakefile: 项目的 Snakemake 工作流文件，定义了项目的执行流程。
• config.yaml: 项目的配置文件，用于自定义项目的执行步骤和参数。
• version: 项目的版本文件。

2. 项目的启动文件介绍

ARMOR 项目的启动文件是 Snakefile。这个文件定义了项目的执行流程，包括数据预处理、质量控制和差异表达分析等步骤。

Snakefile 介绍

• Snakefile: 这是一个 Snakemake 工作流文件，定义了项目的所有规则和依赖关系。通过执行 snakemake --use-conda 命令，可以启动项目并自动安装所需的依赖环境。

3. 项目的配置文件介绍

ARMOR 项目的配置文件是 config.yaml。这个文件用于自定义项目的执行步骤和参数。

config.yaml 介绍

• config.yaml: 这个文件包含了项目的配置参数，例如数据路径、分析步骤的选择等。用户可以根据需要修改这个文件，以定制项目的执行流程。例如，可以选择关闭某些可选步骤（如 STAR 比对或 DRIMSeq 分析）。

配置文件示例

data_path: "path/to/your/data"
steps:
  quality_control: true
  preprocessing: true
  differential_expression: true
  star_alignment: false
  drimseq_analysis: false

通过修改 config.yaml 文件中的参数，用户可以灵活地配置项目的执行步骤。

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以上是 ARMOR 项目的目录结构、启动文件和配置文件的详细介绍。希望这份教程能帮助你更好地理解和使用 ARMOR 项目。