eggNOG-mapper 使用教程

1. 项目介绍

eggNOG-mapper 是一个用于快速功能注释新序列的工具。它利用预先计算的 eggNOG 数据库中的直系同源组和系统发育树，通过直系同源分配来转移功能信息。eggNOG-mapper 广泛应用于新基因组、转录组或甚至宏基因组基因目录的注释。与传统的同源搜索（如 BLAST 搜索）相比，使用直系同源预测进行功能注释可以提高精度，因为它避免了从近亲同源（功能可能发生分化的重复基因）转移注释。

2. 项目快速启动

2.1 安装

首先，克隆 eggNOG-mapper 的 GitHub 仓库：

git clone https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper.git
cd eggnog-mapper

2.2 下载 eggNOG 数据

下载 eggNOG 数据库数据：

python download_eggnog_data.py

2.3 运行 eggNOG-mapper

使用以下命令运行 eggNOG-mapper：

python emapper.py -i <input_file> -o <output_prefix>

其中，<input_file> 是你的输入文件，<output_prefix> 是输出文件的前缀。

3. 应用案例和最佳实践

3.1 应用案例

案例1：新基因组的注释

假设你有一个新测序的细菌基因组，你可以使用 eggNOG-mapper 对其进行功能注释。首先，使用 Prodigal 预测基因，然后使用 eggNOG-mapper 进行注释：

prodigal -i genome.fna -o genome.genes -a genome.faa
python emapper.py -i genome.faa -o genome_annotation

案例2：宏基因组基因目录的注释

对于宏基因组数据，你可以直接使用 eggNOG-mapper 对预测的基因进行注释：

python emapper.py -i metagenome_genes.faa -o metagenome_annotation

3.2 最佳实践

• 数据预处理：确保输入的序列文件格式正确，通常为 FASTA 格式。
• 参数优化：根据数据类型和需求调整参数，如 --tax_scope 用于指定物种范围。
• 结果验证：使用其他工具（如 BLAST）验证注释结果的准确性。

4. 典型生态项目

4.1 相关项目

• eggNOG 数据库：eggNOG-mapper 依赖于 eggNOG 数据库，该数据库提供了大量的直系同源组和功能注释。
• Prodigal：用于预测原核生物基因的工具，常与 eggNOG-mapper 结合使用。
• DIAMOND：用于快速比对蛋白质序列的工具，eggNOG-mapper 内部使用 DIAMOND 进行序列比对。

4.2 生态系统集成

eggNOG-mapper 可以与其他生物信息学工具集成，形成一个完整的工作流程。例如，结合 Prodigal 进行基因预测，然后使用 eggNOG-mapper 进行功能注释，最后使用下游分析工具（如 KEGG、GO 分析工具）进行进一步的功能分析。

通过以上步骤，你可以快速上手并充分利用 eggNOG-mapper 进行功能注释。