GToTree：简单易用的多基因系统发育树构建工具

GToTree 是一个专为多基因系统发育学设计的用户友好的工作流程，旨在使更多研究者能够轻松地创建大规模的系统发育树。这个项目由 Michael Lee 创建，并在 Bioinformatics 杂志上发表了开放访问的论文。

1、项目介绍

GToTree 提供了一个从输入基因组到最终系统发育树的一站式解决方案。它支持多种数据格式（如 FASTA 和 GenBank 文件，以及 NCBI 访问码），并且特别适合将新恢复的基因组与参考基因组进行比较。通过自动化处理步骤，包括基于基因长度的筛选、低质量基因组的去除和标签替换等，GToTree 可以帮助研究人员快速而高效地构建大规模的系统发育树。

2、项目技术分析

GToTree 利用 Python 编写的辅助脚本和 Bash 脚本实现自动化工作流。该工具依赖于多个开源软件，如 Prodigal（基因预测）、HMMER3（基于模型的搜索）、MUSCLE（序列对齐）、Trimal（对齐修剪）和 FastTree2（快速构建进化树）。它的核心是根据指定的 HMM 模型将基因组数据转换为对齐文件并构建进化树。

3、项目及技术应用场景

GToTree 的应用范围广泛，从构建整个生命之树到特定类群（例如所有 Staphylococcus 基因组）的系统发育关系分析，都可以轻松完成。对于微生物学、病毒学、古生物学等领域，当需要确定新发现物种或样本与现有生物分类的关系时，GToTree 是理想的工具。

4、项目特点

• 灵活性：支持多种输入格式，如 FASTA、GenBank 和 NCBI 访问码。
• 自动化：自动完成基因分析、筛选、对齐和树构建过程。
• 可扩展性：在普通笔记本电脑上即可处理数千个基因组，大大节省时间。
• 预定义基因集：提供针对不同分类群的单拷贝基因集。
• 易于安装：可以通过 Conda 快速安装和更新。

使用 Conda 安装 GToTree：

# 如果需要，先安装 mamba (用于更快的 Conda 安装)
conda install -n base -c conda-forge mamba
mamba create -y -n gtotree -c astrobiomike -c conda-forge -c bioconda -c defaults gtotree

GToTree 具有详细的文档和示例，以指导用户使用和理解其功能。如果你对生物信息学中的系统发育分析感兴趣，或者需要处理大量基因组数据，GToTree 将是一个强大的工具。现在就尝试一下，探索你的数据中隐藏的系统发育模式吧！