IsoSeq3 开源项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

IsoSeq3 项目的目录结构如下：

isoseq3/
├── doc/
│   ├── img/
│   ├── README.md
│   ├── README_CHINESE.md
├── src/
├── tests/
├── README.md
├── LICENSE
├── CONTRIBUTING.md

目录结构介绍

• doc/: 包含项目文档的文件夹，其中 img/ 存放文档中的图片，README.md 和 README_CHINESE.md 是项目的介绍文档。
• src/: 项目的源代码文件夹。
• tests/: 包含项目的测试代码。
• README.md: 项目的介绍文档。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南文档。

2. 项目的启动文件介绍

IsoSeq3 项目的启动文件主要是 isoseq3 可执行文件。该文件位于项目的根目录下，用于启动 IsoSeq3 的主要功能，如聚类、去重等。

启动文件介绍

• isoseq3: 这是一个可执行文件，用于执行 IsoSeq3 的主要功能。可以通过命令行调用，例如：

  isoseq3 cluster demux primer_5p--primer_3p bam unpolished.bam --split-bam 24
  

3. 项目的配置文件介绍

IsoSeq3 项目没有明确的配置文件，其主要配置通过命令行参数进行。用户可以根据需要传递不同的参数来配置 IsoSeq3 的行为。

配置文件介绍

• 命令行参数: IsoSeq3 通过命令行参数进行配置，例如：

  isoseq3 cluster demux primer_5p--primer_3p bam unpolished.bam --split-bam 24
  

  上述命令中的参数 --split-bam 24 用于配置聚类过程中的 BAM 文件分割。

通过以上介绍，您可以了解 IsoSeq3 项目的目录结构、启动文件和配置方式。希望这份教程对您有所帮助。