【亲测免费】 Dorado 基础使用教程

1. 项目介绍

Dorado 是一个高性能、易于使用的开放源码碱基识别软件，专为牛津纳米孔（Oxford Nanopore）读取数据设计。其特点包括一键执行、智能硬件检测配置，以及对苹果M1/2系列芯片的支持。Dorado 提供了高分类率，并且可以在单个可执行文件中设置合理的默认值。此外，它还具有双端条形码检测功能，以减少错误阳性并提高整体分类准确性。

2. 项目快速启动

安装 Dorado

首先，确保您的系统满足最低软件要求，例如Linux x86_64平台需要CUDA驱动≥450.80.02。然后，你可以通过以下步骤安装或编译Dorado：

# 克隆仓库
git clone https://github.com/chawyehsu/dorado.git
cd dorado

# 根据你的环境配置构建Dorado
mkdir build && cd build
cmake ..
make -j 4

运行 Dorado 基因测序

运行 Dorado 来对POD5文件进行基因测序，可以使用以下命令：

# 使用hac模型处理pod5s目录下的所有文件
dorado basecaller hac pod5s/ > calls.bam

# 或者处理单个文件
dorado basecaller hac path/to/data_file.fast5 > single_call.bam

# 如需从已有的BAM文件恢复中断的测序，使用--resume-from标志
dorado basecaller hac pod5s/ --resume-from incomplete.bam > complete_calls.bam

3. 应用案例和最佳实践

混合样本分接

使用 dorado demux 工具将输出的BAM文件按条形码拆分成单独的文件：

# 输出到指定目录，不进行分类
dorado demux --output-dir output_dir --no-classify input.bam

Poly(A) 尾部长度估计

对于cDNA和RNA数据，启用Poly(A)尾部长度估计：

# 启动Poly(A)估计
dorado basecaller hac --estimate-poly-a --poly-a-config config.yaml pod5s/

请注意，为了配置定制的引物序列和中断尾巴估计，你需要提供config.yaml文件。

4. 典型生态项目

Dorado 适合于结合其他牛津纳米孔分析工具如MinKNOW，Albacore等。在实际应用中，它可以作为生物信息学工作流程的一部分，用于基因组组装、变异检测和转录组分析。此外，由于Dorado支持CUDA加速，它与NVIDIA GPU优化的其他工具一起使用时能实现更高的性能。

希望这个简单的指南能帮助您开始使用Dorado。更多详细的文档和开发信息，可以直接查看项目GitHub页面上的README和其他相关文件。