MISO: 开源LIMS系统安装与使用指南

项目介绍

MISO是一款专为NGS（Next Generation Sequencing）测序中心设计的开源实验室信息管理系统(LIMS)，由加拿大安大略癌症研究所和英国诺维奇Earlham研究所等多家研究机构合作开发。该软件完全免费且开源，遵循GNU General Public License第3版许可证发布。

MISO的目标是提供一个适用于从小型到大型规模测序中心的信息管理解决方案，帮助研究人员跟踪样本、实验流程以及数据处理过程，以提高工作效率并确保数据准确性。

快速启动指南

环境准备

在开始安装MISO之前，请确保您的系统满足以下要求：

• Docker 18.06.0或更高版本
• Docker Compose工具
• 至少4GB可用内存
• 10GB可用磁盘空间

Docker方式快速部署

MISO提供了两种工作流模式的Docker Compose配置：

简单样本模式（Plain Sample Mode）

简单样本模式提供基础的样本跟踪工作流：样本→文库→文库分装→池，适合基础的测序实验室跟踪需求。

# 下载MISO代码
git clone https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims

# 设置环境变量
export MISO_DB_USER=tgaclims
export MISO_DB=lims
export MISO_DB_PASSWORD_FILE=./.miso_db_password
export MISO_DB_ROOT_PASSWORD_FILE=./.miso_root_password
export MISO_TAG=latest

# 创建密码文件
echo "changeme" > ./.miso_db_password
echo "changeme" > ./.miso_root_password

# 启动服务
docker-compose -f docker-compose.plain.yml up

详细样本模式（Detailed Sample Mode）

详细样本模式包含简单模式的所有功能，并增加了样本层次结构构建功能（如身份→组织→切片→gDNA（库存）→gDNA（分装））和别名自动生成功能。

# 使用详细模式启动
docker-compose -f docker-compose.detailed.yml up

访问系统

启动完成后，在浏览器中访问 http://localhost，使用以下默认凭据登录：

• 用户名：admin
• 密码：admin

核心功能特性

MISO提供了完整的实验室信息管理功能：

样本管理

• 样本登记和状态跟踪
• 样本层次结构管理
• 条形码和位置跟踪

实验流程管理

• 文库构建跟踪
• 池化操作管理
• 测序运行规划

数据质量控制

• QC指标记录和分析
• 质量状态跟踪
• 问题样本标识

库存管理

• 盒子和货架管理
• 冷冻库存管理
• 库存转移跟踪

系统配置与管理

数据库配置

MISO使用MySQL数据库存储数据，配置信息位于数据库配置文件中。建议生产环境中使用独立的MySQL实例而非Docker容器。

用户权限管理

系统支持基于角色的访问控制，可以创建不同的用户组并分配相应的权限级别。

定制化工作流

MISO支持工作流模板定制，可以根据实验室的具体需求调整实验流程和数据字段。

最佳实践建议

1. 定期备份：确保定期备份数据库，防止数据丢失
2. 权限控制：根据岗位职责合理分配用户权限
3. 数据验证：建立数据录入验证机制，确保数据质量
4. 系统监控：监控系统性能，及时发现并解决问题
5. 培训计划：为实验室人员提供系统使用培训

故障排除

常见问题解决方法：

服务启动失败

• 检查Docker和Docker Compose版本
• 验证端口冲突（特别是80和3306端口）
• 检查系统资源是否充足

数据库连接问题

• 验证数据库密码文件配置
• 检查MySQL服务状态

登录问题

• 确认使用正确的默认凭据
• 检查用户权限配置

MISO作为一个成熟的LIMS解决方案，为测序实验室提供了完整的信息管理框架。通过合理的配置和使用，可以显著提高实验室的工作效率和数据管理水平。