TraCeR 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

TraCeR 是一个用于从单细胞 RNA-seq 数据重构 T 细胞受体序列的开源项目。项目的目录结构如下：

tracer/
├── resources/             # 存储项目所需的资源文件
│   ├── ...
│   └── ...
├── scripts/               # 包含项目运行所需的脚本
│   ├── ...
│   └── ...
├── test_data/             # 测试数据目录
│   ├── ...
│   └── ...
├── tracerlib/             # 项目的主要代码库
│   ├── ...
│   └── ...
├── .gitignore             # 指定 Git 忽略的文件
├── Dockerfile             # Docker 容器构建文件
├── LICENSE                # 项目许可证文件
├── README.md              # 项目说明文件
├── docker_wrapper.sh      # Docker 容器封装脚本
├── gencode_parse.py       # 基因编码解析脚本
├── requirements.txt       # 项目依赖的 Python 包列表
├── setup.py               # 项目安装脚本
├── tracer                 # 项目的主执行文件
└── tracer.conf            # 项目配置文件

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 tracer，这是一个可执行文件，可以直接运行或者通过 Python 运行。

• 直接运行：确保 tracer 文件具有执行权限，然后使用 ./tracer 命令运行。
• 通过 Python 运行：使用 python tracer 命令运行。

在运行前，确保已经安装了所有必需的依赖，并正确配置了项目配置文件 tracer.conf。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 tracer.conf，它用于指定项目运行所需的各种参数和路径。配置文件的结构如下：

[tool_locations]
# 路径到 TraCeR 使用的工具，如 Bowtie2、Trinity、IgBLAST 等
bowtie2_path = /path/to/bowtie2
bowtie2-build_path = /path/to/bowtie2-build
igblast_path = /path/to/igblastn
makeblastdb_path = /path/to/makeblastdb
kallisto_path = /path/to/kallisto
salmon_path = /path/to/salmon
trinity_path = /path/to/trinity
dot_path = /path/to/dot
neato_path = /path/to/neato

[trinity_options]
# Trinity 参数配置
max_jellyfish_memory = 1G
# 如果需要指定 Trinity 版本，取消注释下面一行
# trinity_version = 2

# 如果使用短于 50 个碱基的读段，取消注释以下行
# inchworm_only=True
# trinity_kmer_length = 17

# 如果使用计算网格，取消注释以下行
# trinity_grid_conf = /path/to/trinity/grid.conf

# IgBLAST 参数配置
# 可以在这里配置 IgBLAST 的其他参数

确保在运行 TraCeR 之前，所有路径都已经正确设置，否则程序可能无法正常运行。配置文件中的参数可以根据实际需求进行调整。