Biodalliance 项目技术文档

1. 安装指南

环境准备

在开始安装之前，请确保您的系统已经安装了以下软件：

• Node.js：用于运行NPM包管理器。
• Gulp：用于构建Dalliance项目。

安装步骤

1. 安装Node.js：

   • 访问Node.js官网，下载并安装适合您操作系统的Node.js版本。
   • 安装完成后，通过命令行运行node -v和npm -v，确保Node.js和NPM已正确安装。

2. 安装Gulp：

   • 在命令行中运行以下命令，全局安装Gulp：

     npm install -g gulp
     

3. 安装项目依赖：

   • 进入Dalliance项目的根目录，运行以下命令安装项目所需的依赖：

     npm install
     

4. 构建项目：

   • 运行以下命令以构建Dalliance项目：

     gulp
     

5. 测试项目：

   • 构建完成后，打开example-browsers目录中的任意HTML文件，进行测试。

2. 项目的使用说明

概述

Dalliance是一个快速、可嵌入的基因组可视化工具，旨在提供高度的交互性，同时完全在您的Web浏览器中运行。它支持当前版本的Chrome、Firefox和Safari，以及Internet Explorer 11（带有轻微的视觉问题）。它也可以在当前的移动Web浏览器中使用。

使用方法

1. 嵌入到网页中：

   • 您可以将Dalliance嵌入到您的网页中，通过引入构建好的JavaScript文件和配置相关参数，即可在您的网页中展示基因组数据。

2. 交互操作：

   • 用户可以通过鼠标或触摸操作在基因组视图中进行缩放、平移等操作，查看不同区域的基因组数据。

3. 数据加载：

   • Dalliance支持从多种数据源加载基因组数据，包括bigWig、BAM和VCF等格式。您可以通过配置文件指定数据源，并在视图中加载和展示这些数据。

3. 项目API使用文档

概述

Dalliance提供了一系列API，允许开发者自定义和扩展其功能。以下是一些常用的API接口：

1. 初始化配置：

   • 通过配置对象初始化Dalliance视图，指定基因组版本、数据源、样式等参数。

   var config = {
       chr: '1',
       viewStart: 1000000,
       viewEnd: 2000000,
       coordSystem: {
           speciesName: 'Human',
           taxon: 9606,
           auth: 'GRCh',
           version: '37',
           ucscName: 'hg19'
       },
       sources: [
           {
               name: 'Genome',
               twoBitURI: 'path/to/genome.2bit',
               tier_type: 'sequence'
           }
       ]
   };
   var browser = new Dalliance(config);
   

2. 事件监听：

   • 通过监听事件，开发者可以在用户进行交互操作时执行自定义逻辑。

   browser.on('viewChange', function(view) {
       console.log('View changed to:', view);
   });
   

3. 自定义插件：

   • 开发者可以通过编写插件扩展Dalliance的功能，插件可以添加新的数据源、修改视图样式等。

4. 项目安装方式

通过NPM安装

1. 全局安装Gulp：

   npm install -g gulp
   

2. 安装项目依赖：

   npm install
   

3. 构建项目：

   gulp
   

直接使用文件

虽然现在推荐使用Gulp进行构建，但您仍然可以直接使用js目录中的文件。不过，这种方式已被弃用，未来可能不再支持。

测试与使用

构建完成后，您可以在example-browsers目录中找到示例HTML文件，打开这些文件即可测试Dalliance的功能。

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通过以上文档，您应该能够顺利安装、使用和扩展Dalliance项目。如有任何问题，欢迎通过Github issue tracker或邮件列表进行反馈和讨论。