HH-suite3 技术文档

安装指南

HH-suite3 是一个用于敏感序列搜索的开源软件包，基于隐马尔可夫模型（HMMs）的成对比对。以下是安装 HH-suite3 的几种方式：

通过 Conda 安装

conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite

通过 Docker 安装

docker pull soedinglab/hh-suite

下载静态编译版本

SSE2 版本

wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz
tar xvfz hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz
export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"

AVX2 版本

wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz
tar xvfz hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz
export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"

从源码编译

依赖项

• 需要 GCC 4.8 或 Clang 3.6 以上的 C/C++ 编译器
• CMake 2.8.12 或更高版本

编译步骤

git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.git
mkdir -p hh-suite/build && cd hh-suite/build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..
make -j 4 && make install
export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"

macOS 编译

在 macOS 上编译时，首先需要通过 Homebrew 安装 gcc 编译器，然后使用以下命令：

CC="$(brew --prefix)/bin/gcc-10" CXX="$(brew --prefix)/bin/g++-10" cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=. ..

项目使用说明

单次搜索迭代

使用 HHblits 进行单次搜索迭代：

hhblits -i <input-file> -o <result-file> -n 1 -d <database-basename>

生成同源序列比对

生成同源序列比对：

hhblits -i <input-file> -o <result-file> -oa3m <result-alignment> -d <database-basename>

详细选项

通过运行 hhblits -h 可以查看 HHblits 的详细选项。

项目API使用文档

HH-suite3 提供了丰富的命令行工具，主要通过 hhblits 命令进行操作。以下是一些常用的 API 使用示例：

基本搜索

hhblits -i input.fasta -o output.txt -d database

指定迭代次数

hhblits -i input.fasta -o output.txt -n 3 -d database

生成比对文件

hhblits -i input.fasta -o output.txt -oa3m alignment.a3m -d database

查看帮助

hhblits -h

项目安装方式

HH-suite3 可以通过以下几种方式安装：

1. Conda：通过 Conda 安装，适用于大多数系统。
2. Docker：通过 Docker 容器安装，便于在不同环境中运行。
3. 静态编译版本：下载预编译的静态版本，适用于特定硬件架构。
4. 源码编译：从源码编译，适用于需要自定义配置的场景。

选择适合你环境的安装方式，按照上述指南进行安装即可。