Taverna Common Activities 技术文档

1. 安装指南

环境要求

• Java：1.8 或更新版本（测试使用 OpenJDK 1.8）
• Apache Maven：3.2.5 或更新版本（较旧版本可能也适用）

依赖模块

Taverna Common Activities 依赖于其他 Taverna 模块，Maven 会自动从 Apache 的 Maven 仓库下载这些依赖。如果你希望手动编译这些模块，请按照以下顺序进行：

1. taverna-language
2. taverna-osgi
3. taverna-engine

请参考 pom.xml 文件中的 <properties> 部分，以获取正确的版本信息。

构建步骤

1. 克隆项目代码到本地。
2. 在项目根目录下运行以下命令进行构建：

   mvn clean install
   

   该命令将构建每个模块并运行测试。

在 Windows 上构建

如果你在 Windows 上构建，请确保将源代码解压到一个路径较短的文件夹中，例如 C:\src，因为 Windows 对路径长度有 260 个字符的限制，可能会导致构建失败。

跳过测试

如果你希望跳过测试（测试可能会耗时较长），可以使用以下命令：

mvn clean install -DskipTests

跳过 Rat Maven 插件

如果你在独立修改源代码，而不涉及 Taverna 项目，可以选择跳过 Rat Maven 插件，该插件会强制要求每个源文件包含 Apache 头文件。可以使用以下命令：

mvn clean install -Drat.skip=true

2. 项目的使用说明

Taverna Common Activities 是一个用于 Taverna 工作流中的常见活动模块。它包含多种活动类型，如 Beanshell 脚本、外部工具、RESTful 服务调用、WSDL 服务调用等。每个模块实现了一种特定的 Taverna 活动类型，用户可以根据需求选择合适的模块进行使用。

模块列表

• taverna-beanshell-activity：运行 Beanshell 脚本。
• taverna-external-tool-activity：运行本地或通过 SSH 运行的命令行工具。
• taverna-interaction-activity：通过浏览器向用户提问。
• taverna-rest-activity：基于 URI 模板调用 RESTful HTTP(S) 服务。
• taverna-spreadsheet-import-activity：从 CSV、Excel 和 OpenOffice 导入数据。
• taverna-wsdl-activity：调用基于 WSDL 描述的 SOAP 服务。
• taverna-wsdl-generic：用于解析 WSDL 和调用 SOAP 服务的库。
• taverna-xpath-activity：使用 XPath 表达式选择 XML 片段。

3. 项目 API 使用文档

活动接口

每个模块实现了一个特定的 Taverna 活动类型，具体接口定义可以参考 Taverna 的 Activity 接口文档。

依赖库

• taverna-rest-activity：依赖于 Apache HttpComponents Client，支持 https:// 连接。
• taverna-wsdl-generic 和 taverna-wsdl-activity：依赖于 Java Secure Socket Extension (JSSE) 和 Apache WSS4J，用于访问安全的 SOAP Web 服务。
• taverna-interaction-activity：依赖于 Jetty，支持 SSL 加密。

4. 项目安装方式

通过 Maven 安装

1. 确保你已经安装了 Java 和 Maven。
2. 在项目根目录下运行以下命令进行构建和安装：

   mvn clean install
   

手动编译依赖模块

如果你希望手动编译依赖模块，请按照以下顺序进行：

1. 编译 taverna-language。
2. 编译 taverna-osgi。
3. 编译 taverna-engine。

跳过测试和 Rat Maven 插件

如果你希望跳过测试或 Rat Maven 插件，可以使用以下命令：

mvn clean install -DskipTests -Drat.skip=true

5. 注意事项

导出限制

该项目包含加密软件，请确保你所在的国家允许使用加密软件。具体信息请参考 Wassenaar Arrangement。

许可证

该项目基于 Apache License 2.0 发布，详细信息请参考 LICENSE 文件。