SynthSeg 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

SynthSeg 项目的目录结构如下：

SynthSeg/
├── data/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── scripts/
│   ├── commands/
│   │   └── SynthSeg_predict.py
│   └── ...
├── src/
│   ├── models/
│   │   └── SynthSeg.py
│   └── ...
├── config/
│   └── config.yaml
├── README.md
└── requirements.txt

目录介绍

• data/: 存放项目所需的数据文件，如测试数据等。
• scripts/: 包含项目的脚本文件，如命令行工具 SynthSeg_predict.py。
• src/: 项目的源代码目录，包含核心模型文件 SynthSeg.py。
• config/: 存放项目的配置文件 config.yaml。
• README.md: 项目的说明文档。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件位于 scripts/commands/ 目录下，名为 SynthSeg_predict.py。该文件是 SynthSeg 项目的主要命令行工具，用于对输入的 MRI 图像进行分割。

使用方法

python scripts/commands/SynthSeg_predict.py --i <input> --o <output> [--parc --robust --ct --vol <vol> --qc <qc> --post <post> --resample <resample>]

参数说明

• --i <input>: 输入文件路径，可以是单个文件或包含多个文件的目录。
• --o <output>: 输出文件路径，与输入路径类型一致。
• --parc: 可选参数，用于执行皮质分割。
• --robust: 可选参数，用于启用鲁棒模式。
• --ct: 可选参数，用于处理 CT 图像。
• --vol <vol>: 可选参数，用于指定体积估计。
• --qc <qc>: 可选参数，用于执行质量控制。
• --post <post>: 可选参数，用于指定后处理。
• --resample <resample>: 可选参数，用于指定重采样。

3. 项目配置文件介绍

项目的配置文件位于 config/ 目录下，名为 config.yaml。该文件包含了 SynthSeg 项目的各种配置选项，如模型参数、数据路径等。

配置文件示例

model:
  name: SynthSeg
  version: 2.0
  input_resolution: 1mm
  output_resolution: 1mm

data:
  input_path: /path/to/input/data
  output_path: /path/to/output/data

processing:
  cortical_parcellation: true
  quality_control: true
  intracranial_volume: true

配置项说明

• model: 模型相关配置，如模型名称、版本、输入输出分辨率。
• data: 数据路径配置，指定输入和输出数据的路径。
• processing: 处理选项配置，如是否执行皮质分割、质量控制和颅内体积估计。

通过修改 config.yaml 文件，用户可以自定义 SynthSeg 项目的运行参数，以适应不同的数据和需求。