【免费下载】 BindCraft 使用与配置指南

1. 项目目录结构及介绍

BindCraft 项目是一个用户友好的 binder 设计管道，使用 AlphaFold2 反向传播、MPNN 和 PyRosetta。以下是项目的目录结构及文件介绍：

BindCraft/
├── example/                   # 示例文件夹，包含示例配置文件和PDB文件
├── functions/                 # 功能模块，包含项目的核心功能代码
├── notebooks/                 # Jupyter 笔记本，用于测试和展示项目功能
├── settings_advanced/         # 高级配置文件，用于控制设计过程的高级参数
├── settings_filters/          # 设计过滤器配置文件，用于筛选设计结果
├── settings_target/           # 目标配置文件，用于指定设计的目标蛋白质和参数
├── LICENSE                    # 项目许可证文件
├── README.md                  # 项目说明文件
├── bindcraft.py               # 主Python脚本，用于运行 binder 设计流程
├── bindcraft.slurm            # SLURM 提交脚本，用于在支持SLURM的系统上运行设计流程
├── install_bindcraft.sh       # 安装脚本，用于自动化项目的安装过程
└── pipeline.png               # 项目流程图

2. 项目的启动文件介绍

启动文件主要有两个，bindcraft.py 和 bindcraft.slurm。

• bindcraft.py：这是项目的主 Python 脚本，可以直接运行以启动 binder 设计流程。使用时需要指定配置文件和过滤器文件。
• bindcraft.slurm：这是一个用于在支持 SLURM 的计算集群上提交设计任务的脚本。它会调用 bindcraft.py 并传递相应的参数。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件分为三类：高级配置文件、设计过滤器配置文件和目标配置文件。

• 高级配置文件 (settings_advanced/)：这些文件包含了控制设计过程的高级参数，如设计算法、迭代次数、设计权重等。

• 设计过滤器配置文件 (settings_filters/)：这些文件定义了筛选设计结果的标准，如 pLDDT 分数、PAE 分数、接触数量等。

• 目标配置文件 (settings_target/)：这些文件指定了设计过程的目标参数，包括目标蛋白质的路径、设计的 binder 名称、要设计的蛋白质链、目标热点残基、设计的 binder 长度范围、期望的设计数量等。

每个配置文件都是一个 JSON 文件，用户可以根据自己的需要编辑这些文件，以调整设计流程的各个方面。