ReLeaSE 项目安装与使用指南

1. 项目目录结构及介绍

ReLeaSE（Reinforcement Learning for Structural Evolution）是一个用于从头设计药物的深度强化学习项目。以下是项目的目录结构及其介绍：

ReLeaSE/
├── checkpoints/
│   └── ...  # 存储训练过程中的检查点文件
├── data/
│   └── ...  # 存储项目所需的数据文件
├── figures/
│   └── ...  # 存储生成的图表文件
├── release/
│   └── ...  # 存储发布相关的文件
├── tests/
│   └── ...  # 存储测试相关的文件
├── .gitignore
├── JAK2_min_max_demo.ipynb
├── LICENSE
├── LogP_optimization_demo.ipynb
├── README.md
├── RecurrentQSAR-example-logp.ipynb
├── conda_requirements.txt
└── pip_requirements.txt

目录介绍

• checkpoints/: 存储训练过程中的检查点文件，用于恢复训练状态。
• data/: 存储项目所需的数据文件，包括训练数据和测试数据。
• figures/: 存储生成的图表文件，用于可视化结果。
• release/: 存储发布相关的文件，可能包括版本控制信息。
• tests/: 存储测试相关的文件，用于项目的单元测试和集成测试。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件或目录不需要被版本控制。
• JAK2_min_max_demo.ipynb: JAK2 pIC50 最小化和最大化演示的 Jupyter Notebook 文件。
• LICENSE: 项目许可证文件，采用 MIT 许可证。
• LogP_optimization_demo.ipynb: 优化 logP 使其符合 Lipinski 规则的演示的 Jupyter Notebook 文件。
• README.md: 项目说明文件，包含项目的概述、安装和使用说明。
• RecurrentQSAR-example-logp.ipynb: 使用 OpenChem 工具包训练循环神经网络预测 logP 的演示的 Jupyter Notebook 文件。
• conda_requirements.txt: 使用 Anaconda 安装所需的依赖包列表。
• pip_requirements.txt: 使用 pip 安装所需的依赖包列表。

2. 项目的启动文件介绍

ReLeaSE 项目的主要启动文件是 Jupyter Notebook 文件，这些文件用于演示项目的不同功能和应用场景。以下是主要的启动文件及其功能介绍：

• JAK2_min_max_demo.ipynb: 演示如何最小化和最大化 JAK2 pIC50 值。
• LogP_optimization_demo.ipynb: 演示如何优化 logP 使其符合 Lipinski 规则。
• RecurrentQSAR-example-logp.ipynb: 演示如何使用循环神经网络预测 logP。

这些 Jupyter Notebook 文件包含了项目的核心功能演示，用户可以通过运行这些文件来了解和使用 ReLeaSE 项目。

3. 项目的配置文件介绍

ReLeaSE 项目的配置文件主要包括依赖包列表文件，用于安装项目所需的软件包。以下是主要的配置文件及其介绍：

• conda_requirements.txt: 使用 Anaconda 安装所需的依赖包列表。用户可以通过以下命令安装这些依赖包：

  conda install --yes --file conda_requirements.txt
  

• pip_requirements.txt: 使用 pip 安装所需的依赖包列表。用户可以通过以下命令安装这些依赖包：

  pip install -r pip_requirements.txt
  

这些配置文件确保了项目在不同环境下的可移植性和一致性，用户可以根据这些文件快速配置项目运行环境。

---

通过以上指南，用户可以快速了解 ReLeaSE 项目的目录结构、启动文件和配置文件，从而顺利安装和使用该项目。