MGSSL 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

MGSSL/
├── finetune/
│   ├── finetune.py
│   └── ...
├── motif_based_pretrain/
│   ├── pretrain_motif.py
│   └── ...
├── data/
│   └── ...
├── LICENSE
├── README.md
└── requirements.txt

• finetune/: 包含用于微调模型的代码。
  • finetune.py: 用于在下游任务上微调预训练模型的脚本。
• motif_based_pretrain/: 包含用于图自监督预训练的代码。
  • pretrain_motif.py: 用于进行图自监督预训练的脚本。
• data/: 包含用于微调的 MoleculeNet 数据集。
• LICENSE: 项目使用的许可证文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• requirements.txt: 项目所需的依赖包列表。

2. 项目启动文件介绍

2.1 预训练启动文件

文件路径: motif_based_pretrain/pretrain_motif.py

功能: 该脚本用于启动图自监督预训练过程。预训练的目的是在没有标签的情况下，学习分子图的通用语义和结构信息。

使用方法:

cd motif_based_pretrain
python pretrain_motif.py

2.2 微调启动文件

文件路径: finetune/finetune.py

功能: 该脚本用于在下游任务上微调预训练模型。微调的目的是将预训练模型适应于特定的分子属性预测任务。

使用方法:

cd finetune
python finetune.py

3. 项目配置文件介绍

文件路径: requirements.txt

内容: 该文件列出了项目运行所需的所有依赖包及其版本。

示例:

pytorch==1.8.1
torch-geometric==1.7.0
rdkit==2020.09.1
tqdm==4.31.1
tensorboardx==1.6

使用方法: 可以通过以下命令安装所有依赖包：

pip install -r requirements.txt

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以上是 MGSSL 项目的使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你顺利使用该项目。