【亲测免费】 Indigo ELN v2.0 开源电子实验室笔记本使用教程

1. 项目介绍

Indigo ELN v2.0 是一个开源的电子实验室笔记本（Electronic Lab Notebook, ELN），专为化学和生命科学领域的研究人员设计。它提供了一个现代化的平台，用于创建、存储、检索和共享化学信息，满足所有法律、监管、技术和科学要求。Indigo ELN v2.0 基于全新的技术栈，提供了新的界面和功能，同时保留了之前版本的所有功能。

主要特点

• 开源免费：基于 GNU General Public License v3 发布，完全免费。
• 现代化技术：基于 Web 的多层架构，支持现代技术栈。
• 灵活集成：可以轻松集成外部服务和数据库，无需更改核心代码。
• 自定义实验模板：支持创建和使用自定义实验模板，适应多种化学研究设计。
• 强大的搜索功能：支持按属性、结构和反应方案搜索实验。

2. 项目快速启动

环境准备

• 操作系统：支持 Linux、Windows 和 macOS。
• 依赖项：Docker、MongoDB、Node.js。

安装步骤

1. 克隆项目仓库：

   git clone https://github.com/epam/Indigo-ELN-v.-2.0.git
   cd Indigo-ELN-v.-2.0
   

2. 配置 Docker 环境：

   docker-compose up -d
   

3. 启动应用：

   npm install
   npm start
   

4. 访问应用： 打开浏览器，访问 http://localhost:3000。

示例代码

以下是一个简单的实验创建示例：

{
  "experimentName": "Test Experiment",
  "description": "This is a test experiment.",
  "reagents": [
    {
      "name": "Reagent A",
      "amount": "100 mg"
    },
    {
      "name": "Reagent B",
      "amount": "50 ml"
    }
  ],
  "steps": [
    {
      "stepNumber": 1,
      "description": "Mix Reagent A and Reagent B."
    },
    {
      "stepNumber": 2,
      "description": "Heat the mixture to 50°C."
    }
  ]
}

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

• 化学合成研究：使用 Indigo ELN 记录和管理化学合成实验，跟踪每一步的反应条件和产物。
• 药物研发：在药物研发过程中，使用 Indigo ELN 记录药物分子的合成路径和生物活性测试结果。
• 材料科学：记录新材料合成的实验数据，包括材料的结构、性能和应用测试。

最佳实践

• 实验模板标准化：创建标准化的实验模板，确保实验记录的一致性和可重复性。
• 数据备份：定期备份实验数据，防止数据丢失。
• 权限管理：合理设置用户权限，确保敏感数据的安全性。

4. 典型生态项目

BingoDB

BingoDB 是一个开源的分子搜索服务，与 Indigo ELN 无缝集成，支持按结构和反应方案搜索实验。

Ketcher

Ketcher 是一个开源的化学结构编辑器，集成在 Indigo ELN 中，用于创建和编辑化学结构。

Indigo Toolkit

Indigo Toolkit 是一个开源的化学信息学引擎，提供化学结构渲染和属性计算功能。

通过这些生态项目的集成，Indigo ELN 成为一个功能强大的化学信息管理平台，满足各种研究需求。