scarHRD 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

scarHRD 项目的目录结构如下：

scarHRD/
├── examples/
│   ├── test1.small.seqz.gz
│   └── test2.txt
├── R/
│   ├── scarHRD.R
│   └── ...
├── inst/
│   ├── extdata/
│   └── ...
├── man/
│   ├── scarHRD.Rd
│   └── ...
├── tests/
│   ├── testthat.R
│   └── ...
├── DESCRIPTION
├── NAMESPACE
└── README.md

目录结构介绍

• examples/: 包含示例数据文件，用于演示如何使用 scarHRD 进行分析。
• R/: 包含 scarHRD 的主要 R 代码文件，包括核心功能实现。
• inst/: 包含额外的数据文件或其他资源。
• man/: 包含 R 包的帮助文档文件。
• tests/: 包含测试代码，用于确保代码的正确性和稳定性。
• DESCRIPTION: 项目的描述文件，包含项目的元数据信息。
• NAMESPACE: 定义了 R 包的命名空间，管理导出的函数和导入的包。
• README.md: 项目的介绍文件，通常包含项目的概述、安装说明和使用指南。

2. 项目的启动文件介绍

scarHRD 项目的主要启动文件是 R/scarHRD.R。这个文件包含了 scarHRD 的核心功能实现，包括数据预处理、HRD 评分计算等。

启动文件介绍

• scarHRD.R: 这是 scarHRD 的主要 R 代码文件，包含了所有核心功能的实现。用户可以通过调用这个文件中的函数来执行 HRD 评分计算。

3. 项目的配置文件介绍

scarHRD 项目的主要配置文件是 DESCRIPTION 和 NAMESPACE。

配置文件介绍

• DESCRIPTION: 这个文件包含了项目的元数据信息，如项目名称、版本号、作者、依赖包等。用户可以通过编辑这个文件来更新项目的元数据。
• NAMESPACE: 这个文件定义了 R 包的命名空间，管理导出的函数和导入的包。用户通常不需要手动编辑这个文件，因为它是由 R 包管理工具自动生成的。

使用示例

以下是一个简单的使用示例，展示了如何使用 scarHRD 进行 HRD 评分计算：

# 加载 scarHRD 包
library("scarHRD")

# 使用示例数据进行 HRD 评分计算
scar_score("F:/Documents/scarHRD/examples/test1.small.seqz.gz", reference = "grch38", seqz = TRUE)

这个示例展示了如何加载 scarHRD 包并使用示例数据进行 HRD 评分计算。用户可以根据自己的数据路径和参考基因组进行相应的调整。