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解决HuggingFace Datasets加载OpenMol/PubChemSFT数据集的问题

2025-05-10 05:58:07作者:毕习沙Eudora

在使用HuggingFace Datasets库加载OpenMol/PubChemSFT数据集时,用户可能会遇到DataFilesNotFoundError错误。这个问题源于数据集文件格式的特殊性,需要采用特定的加载方式才能正确读取。

问题背景

OpenMol/PubChemSFT是一个化学领域的专业数据集,存储了大量PubChem数据库中的分子信息。当用户尝试使用标准方式加载这个数据集时:

from datasets import load_dataset
dataset = load_dataset('OpenMol/PubChemSFT')

系统会抛出DataFilesNotFoundError错误,提示"找不到(支持的)数据文件"。这是因为数据集仓库中的文件格式与Datasets库默认支持的格式不匹配。

问题原因分析

HuggingFace Datasets库默认支持多种标准数据格式,如JSON、CSV、Parquet等。然而OpenMol/PubChemSFT数据集使用了Pickle格式(.pkl)存储训练集、测试集和验证集数据,这种格式不在Datasets库的默认支持范围内。

Pickle是Python特有的序列化格式,虽然高效但存在安全风险,且缺乏跨语言兼容性。Datasets库出于安全性和通用性考虑,没有将其纳入默认支持格式。

解决方案

有两种方法可以解决这个问题:

方法一:使用Arrow格式文件

数据集仓库中同时提供了Arrow格式的文件,这是一种跨语言的高效列式存储格式。可以通过指定数据文件路径来加载:

from datasets import load_dataset
dataset = load_dataset('OpenMol/PubChemSFT', data_files='stage1/*.arrow')

Arrow格式不仅解决了兼容性问题,还具有更好的性能和内存效率,特别适合大规模数据集。

方法二:数据集维护者更新上传方式

从长远来看,更理想的解决方案是数据集维护者使用Datasets库提供的push_to_hub()方法替代save_to_disk()来上传数据。这种方法会自动将数据转换为标准格式,并确保与Datasets库完全兼容。

最佳实践建议

对于使用Datasets库的用户,建议:

  1. 优先查找数据集是否提供标准格式文件
  2. 对于专业领域数据集,查阅相关文档了解推荐的加载方式
  3. 遇到格式问题时,可以尝试指定具体文件路径加载

对于数据集维护者,建议:

  1. 使用Datasets库推荐的方法上传数据
  2. 提供多种格式的数据文件以增加兼容性
  3. 在README中明确说明数据格式和加载方式

通过理解这些技术细节,用户可以更顺利地使用HuggingFace生态系统中的专业数据集,充分发挥其在机器学习项目中的价值。

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