Time Machine 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

Time Machine 项目目录结构如下：

timemachine/
├── ci/                      # 持续集成配置文件
├── examples/                # 示例代码
├── tests/                   # 测试代码
├── timemachine/              # Time Machine 核心代码
│   ├── __init__.py
│   ├── ...
├── .clang-format             # Clang 格式化配置
├── .dockerignore            # Docker 忽略文件
├── .git-blame-ignore-revs   # Git blame 忽略提交
├── .gitignore               # Git 忽略文件
├── .gitlab-ci.yml           # GitLab CI 配置
├── .pre-commit-config.yaml  # Pre-commit 配置
├── Dockerfile               # Docker 构建文件
├── LICENSE                  # 项目许可证
├── Makefile                 # Makefile 文件
├── README.md                # 项目自述文件
├── environment.yml          # Conda 环境配置文件
├── pyproject.toml           # Python 项目配置文件
├── pytest.ini               # Pytest 配置文件
├── requirements.txt         # 项目依赖文件
├── setup.py                 # Python 打包配置文件

• ci/: 包含持续集成相关的配置文件。
• examples/: 提供了一些使用 Time Machine 的示例代码。
• tests/: 包含了项目的测试代码，用于确保代码质量。
• timemachine/: 包含了 Time Machine 的核心 Python 代码。
• .clang-format: Clang 格式化配置文件，用于统一代码风格。
• .dockerignore: Docker 忽略文件，用于指定构建 Docker 镜像时应该忽略的文件。
• .git-blame-ignore-revs: Git blame 忽略提交文件，用于在 blame 命令中忽略某些提交。
• .gitignore: Git 忽略文件，用于指定 Git 应该忽略的文件。
• .gitlab-ci.yml: GitLab CI 配置文件，用于定义项目的持续集成流程。
• .pre-commit-config.yaml: Pre-commit 配置文件，用于在提交代码前执行一些钩子脚本，如代码格式化。
• Dockerfile: Docker 构建文件，用于构建项目的 Docker 镜像。
• LICENSE: 项目许可证文件，本项目采用 Apache-2.0 许可。
• Makefile: Makefile 文件，用于自动化一些构建过程。
• README.md: 项目自述文件，介绍了项目的基本信息和使用方法。
• environment.yml: Conda 环境配置文件，用于创建一个隔离的 Python 环境。
• pyproject.toml: Python 项目配置文件，用于定义项目的依赖和构建系统。
• pytest.ini: Pytest 配置文件，用于配置 Python 测试框架 Pytest。
• requirements.txt: 项目依赖文件，列出了项目所需的 Python 包。
• setup.py: Python 打包配置文件，用于打包项目为可安装的 Python 包。

2. 项目的启动文件介绍

Time Machine 项目的启动主要通过 setup.py 文件进行。这个文件定义了项目的元数据和安装过程中需要安装的依赖。以下是一个简化的 setup.py 示例：

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='timemachine',
    version='0.1.0',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'numpy',
        'pandas',
        'openmm',
        # 其他依赖
    ],
    # 其他配置
)

使用以下命令安装 Time Machine：

pip install .

或者，如果你想要在开发模式下安装（即在源代码目录下进行修改时，不需要重新安装），可以使用：

pip install -e .

3. 项目的配置文件介绍

Time Machine 项目的配置主要通过 environment.yml 文件进行。这个文件定义了项目运行所需的 Conda 环境，包括所有依赖的 Python 包和必要的系统库。以下是一个 environment.yml 的示例：

name: timemachine
dependencies:
  - python=3.12
  - numpy
  - pandas
  - openmm
  - ...

使用以下命令创建 Conda 环境：

conda env create -f environment.yml

然后，你可以通过以下命令激活环境：

conda activate timemachine

在激活的环境中，你可以安装其他依赖或运行项目。项目的配置文件确保了一致的环境设置，有助于减少因环境差异导致的错误。