selscan 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

selscan/
├── bin/
├── example/
├── include/
├── lib/
├── manual/
├── releases/
├── src/
├── .gitignore
├── Bioinformatics-2024-Szpiech-selscan2-appnote.pdf
├── INSTALL
├── LICENSE.md
├── MBE-2014-Szpiech-selscan-appnote.pdf
└── README

目录结构说明

• bin/: 存放编译后的可执行文件。
• example/: 包含示例数据和配置文件，用于演示如何使用 selscan。
• include/: 存放项目的头文件。
• lib/: 存放项目的库文件。
• manual/: 包含项目的详细使用手册和文档。
• releases/: 存放项目的发布版本和更新日志。
• src/: 存放项目的源代码。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• Bioinformatics-2024-Szpiech-selscan2-appnote.pdf: 项目相关论文。
• INSTALL: 安装指南。
• LICENSE.md: 项目许可证文件。
• MBE-2014-Szpiech-selscan-appnote.pdf: 项目相关论文。
• README: 项目简介和基本使用说明。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常位于 bin/ 目录下，编译后会生成可执行文件 selscan。启动文件的主要功能是执行 EHH（Extended Haplotype Homozygosity）、iHS（Integrated Haplotype Score）、XP-EHH（Cross-Population Extended Haplotype Homozygosity）等基于选择性扫描的计算。

启动命令示例

./bin/selscan --ihs --vcf input.vcf --map genetic_map.txt

参数说明

• --ihs: 计算 iHS 统计量。
• --vcf: 指定输入的 VCF 文件。
• --map: 指定遗传图谱文件。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件通常位于 example/ 目录下，包含示例数据和配置文件。配置文件的主要作用是定义输入数据的路径、遗传图谱文件、输出路径等。

配置文件示例

# 输入文件
input_vcf=example/input.vcf

# 遗传图谱文件
genetic_map=example/genetic_map.txt

# 输出路径
output_dir=output/

配置文件说明

• input_vcf: 指定输入的 VCF 文件路径。
• genetic_map: 指定遗传图谱文件路径。
• output_dir: 指定输出结果的目录路径。

通过以上配置文件，用户可以自定义输入和输出路径，方便进行大规模数据处理和分析。