RoseTTAFold 开源项目使用指南

1. 项目的目录结构及介绍

RoseTTAFold 项目的目录结构如下：

RoseTTAFold/
├── README.md
├── RoseTTAFold-linux.yml
├── RoseTTAFold-linux-cu101.yml
├── folding-linux.yml
├── install_dependencies.sh
├── weights.tar.gz
├── run_pyrosetta_ver.sh
└── ...

• README.md: 项目的主要介绍文档。
• RoseTTAFold-linux.yml 和 RoseTTAFold-linux-cu101.yml: 用于创建 conda 环境的配置文件。
• folding-linux.yml: 用于创建 pyRosetta 折叠和运行 DeepAccNet 的 conda 环境配置文件。
• install_dependencies.sh: 用于下载和安装第三方软件的脚本。
• weights.tar.gz: 包含网络权重的压缩文件。
• run_pyrosetta_ver.sh: 用于运行 pyrosetta 版本的脚本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 run_pyrosetta_ver.sh。该脚本用于启动 RoseTTAFold 的 pyrosetta 版本。具体使用方法如下：

# 进入项目目录
cd RoseTTAFold

# 运行启动脚本
./run_pyrosetta_ver.sh

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要包括以下几个：

• RoseTTAFold-linux.yml: 用于创建兼容 cuda11 的 conda 环境。
• RoseTTAFold-linux-cu101.yml: 用于创建兼容 cuda10 的 conda 环境。
• folding-linux.yml: 用于创建 pyRosetta 折叠和运行 DeepAccNet 的 conda 环境。

这些配置文件可以通过以下命令创建对应的 conda 环境：

# 创建兼容 cuda11 的 conda 环境
conda env create -f RoseTTAFold-linux.yml

# 创建兼容 cuda10 的 conda 环境
conda env create -f RoseTTAFold-linux-cu101.yml

# 创建 pyRosetta 折叠和运行 DeepAccNet 的 conda 环境
conda env create -f folding-linux.yml

通过以上步骤，您可以成功安装和配置 RoseTTAFold 项目，并开始使用其进行蛋白质结构预测。