cgranges 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

cgranges 是一个用于基因组区间重叠查询的小型 C 库。以下是项目的目录结构及其介绍：

cgranges/
├── cpp/
│   ├── IITree.h          # 核心算法实现文件
│   └── khash.h           # 哈希表实现文件
├── test/
│   ├── Makefile          # 测试编译文件
│   ├── test1.bed         # 测试数据文件
│   └── test2.bed         # 测试数据文件
├── .gitignore            # Git 忽略文件配置
├── LICENSE.txt           # 许可证文件
├── MANIFEST.in           # 清单文件
├── Makefile              # 编译文件
├── README.md             # 项目说明文件
├── cgranges.c            # 主程序文件
├── cgranges.h            # 头文件
├── example.c             # 示例程序文件
└── setup.py              # 安装脚本

目录结构介绍

• cpp/：包含核心算法实现文件 IITree.h 和哈希表实现文件 khash.h。
• test/：包含测试相关的文件，如 Makefile 和测试数据文件 test1.bed、test2.bed。
• .gitignore：配置 Git 忽略的文件和目录。
• LICENSE.txt：项目的许可证文件。
• MANIFEST.in：清单文件，用于指定需要包含在源代码分发中的文件。
• Makefile：项目的编译文件。
• README.md：项目的说明文件，包含项目的基本信息和使用方法。
• cgranges.c：主程序文件。
• cgranges.h：头文件，包含项目的接口定义。
• example.c：示例程序文件，展示如何使用 cgranges 库。
• setup.py：安装脚本，用于安装项目。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 cgranges.c，它包含了主程序的实现。以下是 cgranges.c 的简要介绍：

#include "cgranges.h"

int main(int argc, char *argv[]) {
    // 主程序逻辑
    // 解析命令行参数
    // 加载和索引 BED 文件
    // 执行区间重叠查询
    // 输出结果
    return 0;
}

启动文件介绍

• cgranges.c：主程序文件，包含主程序的实现逻辑，如解析命令行参数、加载和索引 BED 文件、执行区间重叠查询和输出结果。

3. 项目的配置文件介绍

项目中没有显式的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。以下是一些常用的命令行参数：

./cgranges -i input.bed -q query.bed -o output.bed

配置文件介绍

• 命令行参数：通过命令行参数进行配置，如输入文件 -i、查询文件 -q 和输出文件 -o。

以上是 cgranges 项目的基本使用教程，包括项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 cgranges 项目。