iSEE项目安装与配置指南

1. 项目基础介绍

iSEE（Interactive SummarizedExperiment Explorer）是一个用于探索SummarizedExperiment类对象数据的交互式用户界面。特别针对存储在SingleCellExperiment类中的单细胞数据进行了优化。该项目通过RStudio的Shiny框架实现了一个多面板的用户界面，以便轻松导航和操作。

主要编程语言：R语言

2. 项目使用的关键技术和框架

• R语言：统计分析及可视化。
• Shiny框架：用于创建交互式Web应用。
• SummarizedExperiment类：Bioconductor项目中用于存储和高维数据有关的实验信息。
• SingleCellExperiment类：继承自SummarizedExperiment，用于单细胞实验数据的特定需求。

3. 项目安装和配置的准备工作及详细步骤

准备工作

• 安装R语言环境
• 安装Bioconductor包管理器
• 确保网络连接正常，以便下载所需的包

安装步骤

步骤1：安装Bioconductor包管理器

如果尚未安装Bioconductor包管理器，请打开R控制台并执行以下命令：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

步骤2：安装iSEE包

在R控制台中，使用Bioconductor包管理器安装iSEE包：

BiocManager::install("iSEE")

如果需要安装所有依赖项，可以使用以下命令：

BiocManager::install("iSEE", dependencies = TRUE)

步骤3：加载iSEE包

在R控制台中，加载iSEE包以便使用：

library(iSEE)

步骤4：启动iSEE Shiny应用

安装完毕后，可以使用以下命令启动iSEE的Shiny应用：

isee()

此时，你的默认Web浏览器应该会自动打开并显示iSEE的用户界面。如果浏览器没有自动打开，你可以手动打开浏览器并输入以下地址：

http://localhost:3838/

现在，你可以开始探索SummarizedExperiment对象的数据了。

请确保遵循上述步骤进行操作，这样你就可以成功安装并运行iSEE项目。如果在安装过程中遇到任何问题，可以查看项目README文件中的更多信息或联系项目维护者获取帮助。