gwas_scripts 的安装和配置教程

1. 项目基础介绍和主要编程语言

gwas_scripts 是一个用于全基因组关联分析（GWAS）的开源项目。它提供了一系列的脚本，用于处理基因组数据的质量控制、基因型填充和统计分析。该项目主要是基于生物信息学的需求，使用了一系列的Unix Shell脚本和R语言脚本来实现各种功能。

主要编程语言和工具包括：

• Unix Shell 脚本：用于自动化数据处理流程。
• R语言：用于统计分析和图形绘制。

2. 项目使用的关键技术和框架

项目中使用的关键技术和框架包括：

• PLINK：一个用于处理基因组数据的开源工具，用于质量控制、关联分析等。
• EIGENSOFT：用于群体遗传学分析，如主成分分析（PCA）。
• IMPUTE：用于基因型填充，估算未直接测量的基因型。

3. 项目安装和配置的准备工作及详细步骤

准备工作

在开始安装之前，请确保您的系统满足以下要求：

• 操作系统：Unix或类Unix系统（如Linux或Mac OS X）。
• 安装有Git工具：用于克隆项目仓库。
• 安装有R语言和相应的生物信息学包。
• 安装有PLINK和IMPUTE等基因组学工具。

安装步骤

1. 克隆项目仓库

   打开终端（Terminal），使用以下命令克隆项目仓库：

   git clone https://github.com/JoniColeman/gwas_scripts.git
   

2. 设置环境变量

   根据您的系统环境，设置环境变量以指向PLINK、R等工具的安装路径。例如：

   export PLINK=/path/to/plink2
   export R=/path/to/R
   

3. 配置项目

   进入项目目录，根据项目的需要，可能需要修改一些配置文件，例如：

   cd gwas_scripts
   vi Config.conf
   

   在Config.conf文件中，设置相关路径和文件名。

4. 运行脚本

   根据您的数据和处理需求，运行相应的脚本。例如，运行质量控制的脚本：

   sh ./Iterative_Missingness.sh 90 99 1
   

   这个命令会按照指定的步骤移除缺失率高的样本和SNP。

5. 检查结果

   运行脚本后，检查输出文件和日志以确保步骤正确执行。使用以下命令查看最低的样本和SNP的调用率：

   sort -k 5 -gr output.filtered_missing.lmiss | head
   

以上步骤为gwas_scripts的基本安装和配置过程。根据具体的数据和项目需求，可能还需要进行更多的配置和调试。