UMI-tools 项目使用指南

1. 项目目录结构及介绍

UMI-tools 是一个用于处理带有 Unique Molecular Identifiers (UMIs) 的 NGS 数据集的工具包。以下是项目的目录结构及其介绍：

UMI-tools/
├── doc/
│   ├── INSTALL.rst
│   ├── QUICK_START.md
│   ├── README.rst
│   └── Single_cell_tutorial.md
├── test/
│   ├── test_data/
│   └── test_scripts/
├── umi_tools/
│   ├── __init__.py
│   ├── __main__.py
│   ├── extract.py
│   ├── group.py
│   ├── dedup.py
│   ├── count.py
│   ├── count_tab.py
│   └── whitelist.py
├── .gitignore
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.rst
├── ez_setup.py
├── requirements.txt
├── setup.cfg
└── setup.py

目录结构介绍

• doc/: 包含项目的文档文件，如安装指南、快速入门教程、单细胞教程等。
• test/: 包含项目的测试数据和测试脚本。
• umi_tools/: 包含项目的主要代码文件，如 extract.py, group.py, dedup.py, count.py, count_tab.py, whitelist.py 等。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• MANIFEST.in: 用于指定在打包时包含的文件。
• README.rst: 项目介绍和使用说明。
• ez_setup.py: 用于安装 setuptools 的脚本。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。
• setup.cfg: 项目配置文件。
• setup.py: 用于安装项目的脚本。

2. 项目启动文件介绍

UMI-tools 的启动文件是 umi_tools/__main__.py。这个文件是项目的入口点，负责解析命令行参数并调用相应的功能模块。

启动文件介绍

• main.py: 这个文件是 UMI-tools 的入口点，负责解析命令行参数并调用相应的功能模块。用户可以通过命令行运行 umi_tools 命令来启动项目。

3. 项目的配置文件介绍

UMI-tools 的配置文件主要是 setup.cfg 和 requirements.txt。

配置文件介绍

• setup.cfg: 这个文件包含了项目的配置信息，如包的元数据、依赖项等。它通常用于在安装项目时提供配置信息。
• requirements.txt: 这个文件列出了项目运行所需的 Python 包及其版本。用户可以通过 pip install -r requirements.txt 来安装所有依赖项。

总结

UMI-tools 是一个功能强大的工具包，用于处理带有 Unique Molecular Identifiers (UMIs) 的 NGS 数据集。通过了解项目的目录结构、启动文件和配置文件，用户可以更好地理解和使用这个开源项目。