【免费下载】 brainreg：强大的脑部图像配准工具

项目介绍

brainreg 是一个用于脑部图像配准的开源工具，旨在将模板脑（如来自 Allen Reference Atlas）与样本图像进行配准。通过这一过程，任何其他在模板空间中的图像（如区域注释）都可以与样本图像对齐。此外，模板到样本的变换也可以被反转，从而允许样本图像在通用坐标空间中对齐。brainreg 是 amap 的更新版本，支持多种配准后端，并兼容 brainglobe-atlasapi 提供的多种脑图谱。

项目技术分析

brainreg 的核心技术在于其三步配准过程：重定向、仿射配准和自由形式配准。首先，模板和样本图像经过滤波处理，然后通过这三个步骤进行配准。最终的变换结果应用于脑图谱，从而实现样本图像与模板图像的对齐。此外，brainreg 还提供了一个可选的 napari 插件，使用户可以通过图形界面更直观地使用该工具。

项目及技术应用场景

brainreg 适用于多种脑部图像分析场景，特别是在需要将样本图像与标准脑图谱对齐的研究中。例如，在神经科学研究中，研究人员可以使用 brainreg 将实验动物的脑部图像与 Allen 脑图谱对齐，以便进行精确的区域分割和注释。此外，brainreg 还可以用于注射位点、Neuropixels 探针等大规模结构的 3D 空间分割。

项目特点

1. 多后端支持：brainreg 支持多种配准后端，提供了灵活的配准选项。
2. 兼容多种脑图谱：通过 brainglobe-atlasapi，brainreg 可以兼容多种脑图谱，满足不同物种和分辨率的需求。
3. 图形界面支持：提供可选的 napari 插件，使用户可以通过图形界面更直观地使用该工具。
4. 高效配准：通过三步配准过程（重定向、仿射配准和自由形式配准），brainreg 能够高效地完成图像配准任务。
5. 易于使用：brainreg 提供了详细的文档和命令行工具，用户可以轻松上手并进行自定义配置。

结语

brainreg 是一个功能强大且易于使用的脑部图像配准工具，适用于多种神经科学研究场景。无论您是进行基础研究还是应用开发，brainreg 都能为您提供高效、精确的图像配准解决方案。立即尝试 brainreg，体验其强大的功能和便捷的操作吧！

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参考文献

• Tyson, A. L., Vélez-Fort, M., Rousseau, C. V., Cossell, L., Tsitoura, C., Lenzi, S. C., Obenhaus, H. A., Claudi, F., Branco, T., Margrie, T. W. (2022). Accurate determination of marker location within whole-brain microscopy images. Scientific Reports, 12, 867. doi.org/10.1038/s41598-021-04676-9
• Niedworok, C.J., Brown, A.P.Y., Jorge Cardoso, M., Osten, P., Ourselin, S., Modat, M. and Margrie, T.W., (2016). AMAP is a validated pipeline for registration and segmentation of high-resolution mouse brain data. Nature Communications. 7, 1–9. https://doi.org/10.1038/ncomms11879
• Claudi, F., Petrucco, L., Tyson, A. L., Branco, T., Margrie, T. W. and Portugues, R. (2020). BrainGlobe Atlas API: a common interface for neuroanatomical atlases. Journal of Open Source Software, 5(54), 2668. https://doi.org/10.21105/joss.02668