Oncoscape 项目安装与使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

Oncoscape 是一个基于 web 的应用程序，旨在为用户提供一套集成的分析工具，以探索与分子和临床数据相关的假设，进而更好地理解癌症生物学和治疗选择。以下是项目的目录结构及其简要介绍：

Oncoscape/
├── .dockerignore          # Docker构建时需要忽略的文件
├── .gitattributes         # Git属性设置
├── .gitignore             # Git提交时需要忽略的文件
├── cheatsheet.md          # 快速参考指南
├── client-build/          # 客户端构建目录
├── client/                # 客户端源码目录
├── cpu/                   # 与CPU相关的脚本或配置文件
├── documentation/         # 项目文档
├── docker-entrypoint.sh   # Docker容器启动脚本
├── docker-kong.template   # Kong配置模板文件
├── docker-nginx.template  # Nginx配置模板文件
├── docker-process-manager.conf # 进程管理配置文件
├── logos.psd              # 项目标志文件
├── ms-bu.js               # 与MongoDB相关的JavaScript文件
├── README.md              # 项目说明文件
├── server/                # 服务器端源码目录
├── tcga_molecular_lookup.json # TCGA分子数据查找表
└── ...

• .dockerignore：指定在Docker构建过程中需要排除的文件和目录。
• .gitattributes：定义特定文件的Git属性，如换行符的处理。
• .gitignore：指定在Git版本控制中需要忽略的文件和目录。
• cheatsheet.md：提供项目使用和开发中的快速参考信息。
• client-build/：包含构建客户端应用程序所需的脚本和配置。
• client/：存放客户端源代码，包括HTML、CSS、JavaScript等。
• cpu/：可能包含与CPU使用相关的脚本或配置文件。
• documentation/：包含项目文档，如安装指南、用户手册等。
• docker-entrypoint.sh：Docker容器启动时运行的脚本。
• docker-kong.template、docker-nginx.template、docker-process-manager.conf：Docker相关的配置模板文件和进程管理配置文件。
• logos.psd：项目标志的设计源文件。
• ms-bu.js：可能与MongoDB操作相关的JavaScript文件。
• README.md：项目的基本介绍和说明。
• server/：服务器端源代码目录，可能包含R语言脚本和后端逻辑。
• tcga_molecular_lookup.json：用于查找TCGA分子数据的JSON文件。

2. 项目的启动文件介绍

Oncoscape 的启动通常涉及多个组件，包括前端和后端服务。具体的启动文件将依赖于项目的具体配置和使用的服务（如Docker）。以下是可能的启动方法：

• 前端启动：可能通过运行某个构建脚本或使用像Webpack这样的工具来启动前端服务。
• 后端启动：可能通过运行一个R脚本来启动后端服务，或者使用进程管理工具来管理多个服务。

具体的启动命令和步骤通常会在项目的 README.md 或 documentation/ 目录下的文档中说明。

3. 项目的配置文件介绍

Oncoscape 的配置文件可能包括以下几种：

• Docker配置：在 docker-compose.yml 或其他Docker配置文件中指定服务的配置，如图形界面、数据库连接等。
• 前端配置：在 client/ 或 client-build/ 目录下的文件中配置前端特定参数，如API端点、前端路由等。
• 后端配置：在 server/ 目录下的文件中配置后端参数，如数据库连接、服务器端口等。

每个配置文件的具体内容和使用方式都应在相应的文档中详细描述。