PySurvival 项目教程

1. 项目的目录结构及介绍

PySurvival 项目的目录结构如下：

pysurvival/
├── docs/
├── notebooks/
├── pysurvival/
│   ├── __init__.py
│   ├── models/
│   ├── datasets/
│   ├── utils/
│   └── ...
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── CHANGELOG.txt
├── LICENSE.txt
├── LONG_DESCRIPTION.txt
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── requirements.txt
└── setup.py

目录结构介绍

• docs/: 存放项目的文档文件，包括用户指南、API 文档等。
• notebooks/: 存放 Jupyter Notebook 文件，用于展示和教学项目的使用方法。
• pysurvival/: 项目的主要代码目录，包含以下子目录：
  • models/: 存放各种生存分析模型的实现代码。
  • datasets/: 存放用于示例和测试的数据集。
  • utils/: 存放工具函数和辅助代码。
  • init.py: 使 pysurvival 成为一个 Python 包。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件和目录不需要被版本控制。
• .travis.yml: Travis CI 配置文件，用于持续集成测试。
• CHANGELOG.txt: 记录项目的变更日志。
• LICENSE.txt: 项目的开源许可证文件。
• LONG_DESCRIPTION.txt: 项目的详细描述文件。
• MANIFEST.in: 指定在打包时需要包含的文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• requirements.txt: 项目的依赖包列表。
• setup.py: 项目的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

PySurvival 项目的启动文件是 setup.py。这个文件用于安装和管理项目的依赖，并且可以通过以下命令安装项目：

pip install pysurvival

setup.py 文件的主要作用是定义项目的元数据（如名称、版本、作者等），并指定项目的依赖包。安装完成后，用户可以通过 import pysurvival 来使用项目中的功能。

3. 项目的配置文件介绍

PySurvival 项目没有传统的配置文件（如 .ini 或 .yaml 文件），但用户可以通过代码中的参数来配置模型的行为。例如，在训练模型时，用户可以指定初始化方法、正则化参数、学习率等。

以下是一个简单的配置示例：

from pysurvival.models.semi_parametric import CoxPHModel

coxph_model = CoxPHModel()
coxph_model.fit(X=X_train, T=T_train, E=E_train, init_method='he_uniform', l2_reg=1e-4, lr=1e-4)

在这个示例中，init_method、l2_reg 和 lr 都是模型的配置参数，用户可以根据需要进行调整。

总结

PySurvival 是一个用于生存分析的开源 Python 包，提供了丰富的模型和工具。通过本教程，您了解了项目的目录结构、启动文件和配置方式，可以开始使用 PySurvival 进行生存分析建模。