PheKnowLator 项目启动与配置教程

1. 项目目录结构及介绍

PheKnowLator 项目的目录结构如下：

PheKnowLator/
├── .gitignore           # Git 忽略文件配置
├── Dockerfile           # Docker 容器配置文件
├── README.md            # 项目说明文件
├── Ruamel               # 项目依赖的 Ruamel 包
├── السجل                # 似乎是日志文件，但文件名使用了非ASCII字符，建议更名
├── data                 # 数据目录
│   ├── chemical_data.csv # 化学数据文件
│   ├── disease_data.csv # 疾病数据文件
│   └── relations_data.csv # 关系数据文件
├── notebooks            # Jupyter 笔记本目录
│   └── notebook1.ipynb  # 示例笔记本文件
├── requirements.txt     # 项目依赖的 Python 包列表
├── scripts              # 脚本目录
│   ├── data_downloads.py # 数据下载脚本
│   └── preprocess.py    # 数据预处理脚本
└── src                  # 源代码目录
    ├── __init__.py      # 初始化文件
    ├── dataset.py       # 数据集处理模块
    ├── models.py        # 模型模块
    └── utils.py         # 工具模块

目录说明

• .gitignore：指定 Git 忽略跟踪的文件和目录。
• Dockerfile：用于构建 Docker 容器的配置文件。
• README.md：项目的基本介绍和说明。
• Ruamel：项目依赖的 Ruamel 包，通常应通过 pip 安装而不是作为目录存在。
• السجل：可能是日志文件，但文件名使用非ASCII字符，建议更名以符合标准命名规范。
• data：存储项目所需的数据文件。
• notebooks：包含 Jupyter 笔记本，用于数据处理和分析。
• requirements.txt：列出项目运行所需的 Python 包。
• scripts：包含项目运行过程中需要的脚本文件。
• src：包含项目的源代码，包括初始化文件、数据集处理模块、模型模块和工具模块。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 notebooks 目录下的 Jupyter 笔记本文件，如 notebook1.ipynb。用户可以通过 Jupyter Notebook 开启这个文件来开始使用项目。

若需要通过命令行启动 Jupyter Notebook，可以在项目根目录下执行以下命令：

jupyter notebook

这将启动 Jupyter Notebook 服务器，并在默认的 Web 浏览器中打开一个新标签页，用户可以在其中打开和处理 notebook1.ipynb 文件。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置主要通过 requirements.txt 文件来管理。该文件列出了项目运行所需的所有 Python 包，用户需要使用以下命令安装这些依赖：

pip install -r requirements.txt

确保在安装依赖之前已经安装了 Python 和 pip。此外，如果项目使用 Docker，那么 Dockerfile 也会包含必要的配置信息，用于构建项目所需的环境。

在开始使用项目之前，还需要检查 data 目录下是否有完整的数据文件。如果没有，可以通过运行 scripts 目录下的 data_downloads.py 脚本来下载数据：

python scripts/data_downloads.py

然后，使用 preprocess.py 脚本预处理数据：

python scripts/preprocess.py

确保所有步骤都完成后，项目就可以正常运行了。