pySCENIC项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

pySCENIC项目的目录结构如下所示：

pySCENIC/
├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE
│   └── PULL_REQUEST_TEMPLATE
├── docs/
│   ├── ...
│   └── ...
├── notebooks/
│   ├── ...
│   └── ...
├── resources/
│   ├── ...
│   └── ...
├── scripts/
│   ├── ...
│   └── ...
├── src/
│   ├── ...
│   └── ...
├── tests/
│   ├── ...
│   └── ...
├── .dockerignore
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── Dockerfile
├── LICENSE.txt
├── MANIFEST.in
├── README.rst
├── pypi.sh
├── pyscenic_with_scanpy.Dockerfile
├── requirements.doc.txt
├── requirements.txt
├── requirements_docker_with_scanpy.txt
├── runtox.sh
├── setup.cfg
├── setup.py
├── tox.ini
└── versioneer.py

以下是各个目录和文件的简要介绍：

• .github/: 存放GitHub Actions的工作流文件和相关模板。
• docs/: 包含项目的文档和教程。
• notebooks/: 包含Jupyter笔记本，用于演示和分析。
• resources/: 存放项目所需的资源文件，如数据集等。
• scripts/: 包含一些辅助脚本来执行特定的任务。
• src/: 存放pySCENIC的源代码。
• tests/: 包含项目的单元测试。
• .dockerignore: 列出在构建Docker镜像时需要排除的文件和目录。
• .gitattributes: 配置Git如何处理和显示不同类型的文件。
• .gitignore: 列出在版本控制中需要忽略的文件和目录。
• .travis.yml: Travis CI的配置文件，用于自动化测试。
• CODE_OF_CONDUCT.md: 项目的行为准则。
• CONTRIBUTING.md: 指导贡献者如何参与项目。
• Dockerfile: 用于构建Docker镜像的文件。
• LICENSE.txt: 项目的许可证文件。
• MANIFEST.in: 包含在打包和分发项目时需要包含的文件。
• README.rst: 项目的主要说明文件。
• pypi.sh、pyscenic_with_scanpy.Dockerfile、requirements.*、runtox.sh、setup.*、tox.ini、versioneer.py: 这些文件与项目的打包、分发和测试有关。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常是src/目录下的__init__.py文件。这个文件初始化了pySCENIC包，使得其他Python脚本能够导入和使用pySCENIC模块。

# __init__.py
from . import some_module

在这里，some_module是pySCENIC中的一个模块，它提供了项目的主要功能。

3. 项目的配置文件介绍

pySCENIC项目的配置文件通常位于项目根目录下，名为config.yaml或类似的文件。这个文件包含了项目的配置信息，如数据库连接、API密钥、环境变量等。

# config.yaml
database:
  host: localhost
  port: 3306
  user: user
  password: password
  dbname: scenic_db

api_keys:
  google_api_key: "YOUR_API_KEY_HERE"

在项目的实际使用中，您需要根据实际情况修改这个配置文件中的内容，以确保pySCENIC能够正确地运行和访问所需资源。

请注意，上述内容仅为示例，实际的文件名和配置可能会根据项目的具体需求有所不同。