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**做R语言下的元分析:实战指南**

2024-09-25 10:40:11作者:贡沫苏Truman

项目介绍

本项目是《用R进行元分析:实战指南》一书的所有R代码及源文件的公开存储库。它旨在成为非专家也能轻松上手的元分析入门材料,通过本书,读者可以学会如何在R环境中执行元分析的关键步骤,包括效应量合并、森林图展示、异质性诊断、亚组分析、元回归、发表偏倚控制方法以及风险偏倚评估等。高级但极其实用的主题,如网络元分析、多/三层元分析、贝叶斯元分析方法和结构方程模型元分析也涵盖其中。所有编程和统计背景知识都以易于理解的方式呈现,并且该书已由Chapman & Hall/CRC出版社(Taylor & Francis集团)出版实体版。

项目基于[rmarkdown]和[bookdown]构建,公式利用MathJax渲染,全部资料和源码均可在此仓库中找到。尽管鼓励分享和复用内容,但仓库主要设为“只读”,不常规接受PR,建议通过邮件联系作者进行交流。

项目快速启动

要快速启动并利用此项目,首先确保你的计算机安装了R语言环境和RStudio。之后,通过以下步骤开始:

# 在R环境下安装必要的包
install.packages(c("meta", "dmetar", "bookdown"))

# 克隆项目到本地
git clone https://github.com/MathiasHarrer/Doing-Meta-Analysis-in-R.git

# 导入项目到RStudio并查看或运行示例代码
library(bookdown)
setwd("Doing-Meta-Analysis-in-R")
render_book("index.Rmd", output_format = "bookdown::pdf_book")

这将编译书籍的PDF版本,让你能够浏览所有教程和代码示例。

应用案例和最佳实践

示例:效应量合并基础

作为一个应用案例,考虑合并多个研究中的标准化均值差。遵循书中指导,你可以这样做:

library(meta)
# 假设data是已经导入的研究数据集,含effectSize和variance列
my数据分析 <- meta::metagen(
  effectSize = data$effectSize,
  var.eff.size = data$variance,
  studlab = paste("Study", 1:nrow(data)),
  method = "random"
)
summary(my数据分析)

这个命令展示了采用随机效应模型合并效应量的基本过程,是元分析中的一个常见操作。

典型生态项目

  • 元分析基础教育:利用本书作为教材,在学术界和行业工作坊中教授元分析的基础,促进R语言在研究合成领域的应用。

  • 研究团队合作:研究团队可以通过共享和协作编辑这本书的RMarkdown文档,来标准化他们的元分析流程和报告标准。

  • 定制化元分析工具开发:开发者可以借鉴项目中提供的代码,开发特定领域内的元分析软件包或脚本,优化分析流程。


这个指南提供了从零开始使用《用R进行元分析:实战指南》项目的框架,从基本设置到实际应用的步骤,帮助研究者快速掌握R语言下元分析的实践技巧。深入探索项目,你会发现更多元分析的宝藏。

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