Scanpy项目中的Leiden算法后端变更预告

背景介绍

Scanpy作为单细胞分析领域的重要工具包，其聚类算法leiden的实现即将迎来重要变更。当前版本中，leiden算法默认使用leidenalg作为后端实现，但开发团队计划在未来版本中将其切换为igraph后端。

变更内容

开发团队已经在Scanpy 1.11版本中添加了FutureWarning警告，提示用户这一即将到来的变更。当用户调用sc.tl.leiden(adata)时，系统会显示警告信息，告知用户未来版本中leidenalg后端将被弃用，建议用户开始转向使用igraph后端。

警告信息优化

当前的警告信息存在几个需要改进的地方：

1. 堆栈级别：需要正确设置堆栈级别，确保警告信息指向用户实际调用的代码行
2. 信息内容：警告信息将重新表述为更清晰的形式，明确说明：
   • 未来版本将默认使用igraph后端
   • 如何通过参数设置提前适应这一变更
   • 不同后端实现结果会有轻微差异
3. 警告频率：将改为只警告一次，避免重复调用时频繁显示相同警告

迁移建议

为了平滑过渡到igraph后端，用户现在可以主动采取以下措施：

1. 显式指定flavor="igraph"参数
2. 设置n_iterations=2以获得类似当前leidenalg的结果
3. 确保directed=False，因为igraph实现不支持有向图

技术细节

leidenalg和igraph都是优秀的图算法实现库，但igraph具有以下优势：

• 更活跃的维护状态
• 更广泛的社区支持
• 更好的性能表现

需要注意的是，两个后端的计算结果会有轻微差异，这是正常现象，因为不同实现可能有细微的算法差异。

总结

Scanpy团队通过提前发布变更预告，给予用户充分的适应时间。建议用户尽早测试igraph后端在自己的分析流程中的表现，为未来的版本升级做好准备。这一变更体现了Scanpy团队对软件长期维护性和用户体验的重视。