PLMC 项目启动与配置教程

1. 项目目录结构及介绍

PLMC（Protein and RNA Maximum Coupling）是一个用于推断蛋白质和RNA序列共进化关系的开源项目。项目的目录结构如下：

plmc/
├── bin/              # 存放编译后的可执行文件
├── example/          # 包含示例数据文件和参数文件
│   ├── protein/      # 蛋白质示例
│   └── RNA/          # RNA示例
├── scripts/          # 包含MATLAB脚本，用于分析和可视化结果
├── src/              # 源代码目录
├── tests/            # 测试代码目录
├── .github/          # GitHub Actions 工作流配置
├── LICENSE           # 项目许可证文件
├── README.md         # 项目说明文件
└── makefile          # 编译配置文件

• bin/：存放编译后的可执行文件，用于运行PLMC程序。
• example/：包含示例数据文件和参数文件，用于演示如何使用PLMC。
• scripts/：包含MATLAB脚本，用于分析和可视化PLMC的输出结果。
• src/：源代码目录，包含PLMC的所有源代码。
• tests/：测试代码目录，用于验证代码的正确性。
• .github/：GitHub Actions 工作流配置，用于自动化测试和构建。
• LICENSE：项目许可证文件，说明项目的版权和允许的使用方式。
• README.md：项目说明文件，提供项目的概述、使用方法和示例。
• makefile：编译配置文件，用于指定如何编译PLMC程序。

2. 项目的启动文件介绍

PLMC项目的启动文件是bin/目录下的可执行文件。这些文件是通过编译src/目录下的源代码生成的。启动文件的使用方法通常在README.md中有详细说明。以下是一个基本的命令行示例：

./bin/plmc -o output_file.params -c output_file耦合scores alignment_file

这个命令会根据提供的序列比对文件alignment_file，生成参数文件output_file.params和耦合分数文件output_file耦合scores。

3. 项目的配置文件介绍

PLMC项目的配置主要通过命令行参数进行。以下是一些常用的配置选项：

• -o paramfile：指定参数文件的输出路径。
• -c couplingsfile：指定耦合分数文件的输出路径。
• -w weightsfile：从文件中加载序列权重。
• --save-weights weightsfile：将序列权重保存到文件中。
• -s <value>：设置序列权重的邻域权重。
• -t <value>：设置序列权重的邻域分歧。
• -le <value>：设置L2正则化参数λe。
• -lh <value>：设置L2正则化参数λh。
• -lg <value>：设置L1正则化参数λg。

更多配置选项可以在README.md中找到。这些配置选项允许用户根据不同的需求调整PLMC的行为。

在编写配置文件时，需要将这些选项按照需求组合，并保存到一个文本文件中。然后在运行PLMC时，通过命令行参数指定配置文件的路径。例如：

./bin/plmc -config config_file.txt

这样，PLMC会根据config_file.txt中的配置选项来运行。