Plotsr 项目使用教程

1. 项目介绍

Plotsr 是一个用于可视化多个基因组之间同线性和结构重排的工具。它能够生成高质量的图表，展示多个基因组之间的结构相似性和重排情况。Plotsr 主要用于比较染色体级别的基因组，并可以放大到特定区域进行详细分析。

2. 项目快速启动

2.1 安装 Plotsr

Plotsr 可以通过 Anaconda 进行快速安装，以下是安装步骤：

# 使用 Anaconda 安装 Plotsr
conda install -c bioconda plotsr

2.2 手动安装

如果需要手动安装 Plotsr，请按照以下步骤进行：

# 安装 Python 3.8 及以上版本
# 安装所需的 Python 库
conda install numpy=1.21.2 pandas=1.2.4 matplotlib=3.3.4 setuptools

# 下载 Plotsr 项目
git clone https://github.com/schneebergerlab/plotsr.git
cd plotsr

# 安装 Plotsr
python setup.py install

2.3 测试安装

安装完成后，可以通过以下命令测试 Plotsr 是否安装成功：

plotsr -h

3. 应用案例和最佳实践

3.1 示例可视化

以下是一个示例，展示如何使用 Plotsr 可视化四个拟南芥（Arabidopsis thaliana）品系（Col-0, Ler, Cvi, Eri）之间的结构重排：

cd example

# 解压基因注释和 SNPs 文件
gzip -d TAIR10_GFF3_genes.gff.gz
gzip -d 1001genomes.snps.sorted.bed.gz

# 使用 Plotsr 进行可视化
plotsr --sr col_lersyri.filtered.out \
       --sr ler_cvisyri.filtered.out \
       --sr cvi_erisyri.filtered.out \
       --genomes genomes.txt \
       --tracks tracks.txt \
       --markers markers.bed \
       --cfg base.cfg \
       -o output_plot.png \
       -S 0.5 -W 7 -H 10 -f 8

3.2 自定义可视化

Plotsr 支持多种自定义选项，例如调整基因组显示顺序、颜色、线宽等。以下是一个自定义示例：

plotsr --sr A_Bsyri.out \
       --sr B_Csyri.out \
       --sr C_Dsyri.out \
       --genomes genomes.txt \
       -o output_plot.png

其中 genomes.txt 文件内容如下：

# 文件名 标签
A.fa A lw:1.5
B.fa B lw:1.5
C.fa C lw:1.5
D.fa D lw:1.5

4. 典型生态项目

Plotsr 通常与其他基因组分析工具结合使用，例如：

• Minimap2: 用于基因组比对。
• SyRI: 用于检测基因组之间的结构重排。
• GFF/BED/bedGraph: 用于添加基因和 SNPs 等注释信息。

这些工具共同构成了基因组可视化和分析的生态系统，帮助研究人员更好地理解基因组结构和进化。