igv.js 开源项目教程

2024-09-13 00:26:10作者：霍妲思

1. 项目介绍

igv.js 是一个由 Integrative Genomics Viewer (IGV) 团队开发的嵌入式交互式基因组可视化组件。它允许开发者在网页应用中嵌入一个交互式的基因组可视化界面，支持多种基因组数据类型，如对齐数据、变异数据、注释数据等。igv.js 是基于 JavaScript 的开源项目，遵循 MIT 许可证。

2. 项目快速启动

安装

igv.js 可以通过 CDN 或 npm 进行安装。

通过 CDN 安装

<script src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/igv@3.0.5/dist/igv.min.js"></script>

通过 npm 安装

npm install igv

使用

以下是一个简单的示例，展示如何在网页中嵌入一个 igv.js 浏览器，并加载一个对齐数据轨道。

<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
    <meta charset="UTF-8">
    <title>igv.js 示例</title>
    <script src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/igv@3.0.5/dist/igv.min.js"></script>
</head>
<body>
    <div id="igv-div" style="height: 500px; width: 100%;"></div>
    <script>
        var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
        var options = {
            genome: "hg38",
            locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
            tracks: [
                {
                    name: "HG00103",
                    url: "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                    indexURL: "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
                    format: "cram"
                }
            ]
        };
        igv.createBrowser(igvDiv, options).then(function (browser) {
            console.log("Created IGV browser");
        });
    </script>
</body>
</html>

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

基因组数据可视化：igv.js 可以用于展示基因组数据，如对齐数据、变异数据、注释数据等，帮助研究人员更好地理解基因组信息。
临床基因组学：在临床环境中，igv.js 可以用于展示患者的基因组数据，帮助医生进行诊断和治疗决策。

最佳实践

优化加载速度：使用 CDN 加载 igv.js，以减少加载时间。
自定义配置：根据需求自定义基因组、轨道和其他配置，以满足特定的可视化需求。
数据安全：确保数据的安全性，特别是在处理敏感的基因组数据时。

4. 典型生态项目

IGV Desktop：IGV 的桌面应用程序，提供更强大的基因组数据可视化功能。
igv-notebook：一个 Python 包，用于在 IPython 笔记本中嵌入 igv.js，支持 Jupyter 和 Google Colab。
igv-reports：生成自包含的 HTML 报告，包含基因组位点的表格和相关的 IGV 视图。

通过这些生态项目，igv.js 可以与其他工具和平台集成，提供更全面的基因组数据分析和可视化解决方案。