首页
/ Seurat中findmarkers()函数latent.vars参数的技术解析

Seurat中findmarkers()函数latent.vars参数的技术解析

2025-07-02 08:33:19作者:卓艾滢Kingsley

关于Seurat的findmarkers函数中潜在变量处理

在单细胞RNA测序数据分析中,Seurat包提供的findmarkers()函数是识别差异表达基因的重要工具。其中latent.vars参数允许用户控制潜在的混杂因素,这对获得准确的差异表达结果至关重要。

缺失性别信息的处理策略

当样本中存在性别信息缺失(NA)时,研究者面临三种选择:

  1. 直接包含性别变量:即使部分样本性别信息缺失,仍将Sex变量纳入latent.vars。这种方法简单但可能导致信息损失。

  2. 样本过滤:移除性别信息缺失的样本,确保分析基于完整数据集。这种方法保守但可能减少统计功效。

  3. 性别信息推断:更优的方案是利用chrY基因(不包括假常染色体区域)的表达模式来推断缺失样本的性别。这种方法能够最大化利用现有数据,同时保证分析质量。

协变量调整的注意事项

在分析中考虑样本或供体效应时,findmarkers()函数仅能控制指定的协变量影响。例如,当比较疾病组与对照组时:

  • 如果仅指定"sample"或"donor"作为协变量,函数将仅控制这些变量带来的影响
  • 其他潜在混杂因素如性别、年龄等不会被自动控制
  • 需要显式地将所有相关协变量加入latent.vars参数

技术协变量的考量

关于是否包含nCount(UMI总数)和nGene(检测基因数)作为协变量:

  • 当使用"data"slot进行标准FindMarkers分析时,不需要特别将这些技术指标作为潜在变量
  • 但在某些特殊情况下(如癌细胞全基因组复制导致UMI数显著增加),这些指标可能反映真实的生物学差异,此时应考虑纳入分析

批次效应的处理

对于不同测序批次或平台带来的技术变异:

  • 批次效应通常应作为协变量纳入分析
  • 但需注意过度校正风险,特别是当批次与生物学因素存在关联时
  • 建议比较包含与不包含批次变量的分析结果,评估其对差异基因的影响

在实际分析中,研究者应根据具体科学问题和数据特点,通过模型比较选择最优的协变量组合,确保差异表达分析结果的可靠性。

登录后查看全文
热门项目推荐

热门内容推荐

最新内容推荐

项目优选

收起
docsdocs
OpenHarmony documentation | OpenHarmony开发者文档
Dockerfile
139
1.91 K
kernelkernel
deepin linux kernel
C
22
6
nop-entropynop-entropy
Nop Platform 2.0是基于可逆计算理论实现的采用面向语言编程范式的新一代低代码开发平台,包含基于全新原理从零开始研发的GraphQL引擎、ORM引擎、工作流引擎、报表引擎、规则引擎、批处理引引擎等完整设计。nop-entropy是它的后端部分,采用java语言实现,可选择集成Spring框架或者Quarkus框架。中小企业可以免费商用
Java
8
0
ohos_react_nativeohos_react_native
React Native鸿蒙化仓库
C++
192
273
RuoYi-Vue3RuoYi-Vue3
🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统
Vue
923
551
openHiTLSopenHiTLS
旨在打造算法先进、性能卓越、高效敏捷、安全可靠的密码套件,通过轻量级、可剪裁的软件技术架构满足各行业不同场景的多样化要求,让密码技术应用更简单,同时探索后量子等先进算法创新实践,构建密码前沿技术底座!
C
421
392
openGauss-serveropenGauss-server
openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management system
C++
145
189
金融AI编程实战金融AI编程实战
为非计算机科班出身 (例如财经类高校金融学院) 同学量身定制,新手友好,让学生以亲身实践开源开发的方式,学会使用计算机自动化自己的科研/创新工作。案例以量化投资为主线,涉及 Bash、Python、SQL、BI、AI 等全技术栈,培养面向未来的数智化人才 (如数据工程师、数据分析师、数据科学家、数据决策者、量化投资人)。
Jupyter Notebook
74
64
Cangjie-ExamplesCangjie-Examples
本仓将收集和展示高质量的仓颉示例代码,欢迎大家投稿,让全世界看到您的妙趣设计,也让更多人通过您的编码理解和喜爱仓颉语言。
Cangjie
344
1.3 K
easy-eseasy-es
Elasticsearch 国内Top1 elasticsearch搜索引擎框架es ORM框架,索引全自动智能托管,如丝般顺滑,与Mybatis-plus一致的API,屏蔽语言差异,开发者只需要会MySQL语法即可完成对Es的相关操作,零额外学习成本.底层采用RestHighLevelClient,兼具低码,易用,易拓展等特性,支持es独有的高亮,权重,分词,Geo,嵌套,父子类型等功能...
Java
36
8