ochem_predict_nn 项目使用教程

1. 项目目录结构及介绍

ochem_predict_nn/
├── data/
│   ├── generate_reaction_templates.py
│   ├── generate_candidates_edits_fullgrants.py
│   └── preprocess_candidate_edits_compact.py
├── main/
│   ├── score_candidates_from_edits_compact.py
│   └── transformer.py
├── scripts/
│   └── lowe_interactive_predict.py
├── utils/
│   ├── database.py
│   └── __init__.py
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── __init__.py
└── global_config.py

目录结构说明

• data/: 包含数据处理和模板生成的脚本。

  • generate_reaction_templates.py: 从反应数据中提取反应模板。
  • generate_candidates_edits_fullgrants.py: 生成反应候选物。
  • preprocess_candidate_edits_compact.py: 预处理候选物数据。

• main/: 包含模型训练和测试的主要脚本。

  • score_candidates_from_edits_compact.py: 用于训练和测试模型的脚本。
  • transformer.py: 用于生成候选物的类。

• scripts/: 包含交互式预测脚本。

  • lowe_interactive_predict.py: 用于加载已训练模型并进行预测的脚本。

• utils/: 包含工具和配置文件。

  • database.py: 定义数据库和集合名称的配置文件。
  • __init__.py: 初始化文件。

• .gitignore: Git 忽略文件。

• LICENSE: 项目许可证。

• README.md: 项目说明文档。

• init.py: 初始化文件。

• global_config.py: 全局配置文件。

2. 项目启动文件介绍

main/score_candidates_from_edits_compact.py

该文件是项目的主要启动文件，用于训练和测试神经网络模型。它提供了多种命令行选项来设置不同的架构和训练参数，包括运行交叉验证的折数。

使用方法

python main/score_candidates_from_edits_compact.py --fold 1

参数说明

• --fold: 指定交叉验证的折数，例如 --fold 1 表示运行第一折的交叉验证。

3. 项目的配置文件介绍

global_config.py

该文件包含项目的全局配置参数，如数据库连接信息、模型路径等。

示例内容

# 数据库配置
DATABASE_NAME = "ochem_predict"
COLLECTION_NAME = "reaction_data"

# 模型路径
MODEL_PATH = "main/output/10rxn_demo1"

utils/database.py

该文件定义了数据库和集合的名称，用于连接和管理数据。

示例内容

# 数据库和集合名称
DATABASE_NAME = "ochem_predict"
COLLECTION_NAME = "reaction_data"

通过这些配置文件，用户可以轻松地修改项目的运行环境和参数设置。