ochem_predict_nn 项目使用教程
2024-09-28 07:26:04作者:晏闻田Solitary
1. 项目目录结构及介绍
ochem_predict_nn/
├── data/
│ ├── generate_reaction_templates.py
│ ├── generate_candidates_edits_fullgrants.py
│ └── preprocess_candidate_edits_compact.py
├── main/
│ ├── score_candidates_from_edits_compact.py
│ └── transformer.py
├── scripts/
│ └── lowe_interactive_predict.py
├── utils/
│ ├── database.py
│ └── __init__.py
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── __init__.py
└── global_config.py
目录结构说明
-
data/: 包含数据处理和模板生成的脚本。
generate_reaction_templates.py
: 从反应数据中提取反应模板。generate_candidates_edits_fullgrants.py
: 生成反应候选物。preprocess_candidate_edits_compact.py
: 预处理候选物数据。
-
main/: 包含模型训练和测试的主要脚本。
score_candidates_from_edits_compact.py
: 用于训练和测试模型的脚本。transformer.py
: 用于生成候选物的类。
-
scripts/: 包含交互式预测脚本。
lowe_interactive_predict.py
: 用于加载已训练模型并进行预测的脚本。
-
utils/: 包含工具和配置文件。
database.py
: 定义数据库和集合名称的配置文件。__init__.py
: 初始化文件。
-
.gitignore: Git 忽略文件。
-
LICENSE: 项目许可证。
-
README.md: 项目说明文档。
-
init.py: 初始化文件。
-
global_config.py: 全局配置文件。
2. 项目启动文件介绍
main/score_candidates_from_edits_compact.py
该文件是项目的主要启动文件,用于训练和测试神经网络模型。它提供了多种命令行选项来设置不同的架构和训练参数,包括运行交叉验证的折数。
使用方法
python main/score_candidates_from_edits_compact.py --fold 1
参数说明
--fold
: 指定交叉验证的折数,例如--fold 1
表示运行第一折的交叉验证。
3. 项目的配置文件介绍
global_config.py
该文件包含项目的全局配置参数,如数据库连接信息、模型路径等。
示例内容
# 数据库配置
DATABASE_NAME = "ochem_predict"
COLLECTION_NAME = "reaction_data"
# 模型路径
MODEL_PATH = "main/output/10rxn_demo1"
utils/database.py
该文件定义了数据库和集合的名称,用于连接和管理数据。
示例内容
# 数据库和集合名称
DATABASE_NAME = "ochem_predict"
COLLECTION_NAME = "reaction_data"
通过这些配置文件,用户可以轻松地修改项目的运行环境和参数设置。
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