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Seurat对象处理Stereoseq空间转录组数据的完整指南

2025-07-02 14:15:21作者:蔡怀权

概述

Seurat作为单细胞和空间转录组数据分析的主流工具,在处理Stereoseq平台产生的空间转录组数据时需要特别注意数据格式转换问题。本文将详细介绍如何将Stereoseq数据转换为Seurat对象,并保留完整的空间信息。

Stereoseq数据格式特点

Stereoseq平台产生的原始数据通常包含以下几种文件格式:

  • .gef文件:包含基因表达矩阵和空间坐标信息
  • .ipr文件:包含图像信息
  • .h5ad文件:分析流程产生的中间文件

数据转换方法

方法一:从.h5ad文件转换

Stereoseq分析流程会自动生成.h5ad格式文件,这是最推荐的转换起点:

  1. 首先使用SeuratDisk包进行格式转换
library(SeuratDisk)
Convert('data.h5ad', 'data.h5seurat')
  1. 加载转换后的文件
spatial_data <- LoadH5Seurat('data.h5seurat')

方法二:从原始数据构建

如果需要从更原始的.gef文件开始构建Seurat对象,需要注意:

  1. .gef文件本身不包含图像信息,需要与.ipr文件配合使用
  2. 完整的空间信息需要通过Stereoseq分析流程中的spatialCluster步骤整合

关键注意事项

  1. 图像信息处理:图像信息存储在.ipr文件中,需要确保分析流程正确整合了.gef和.ipr文件

  2. 细胞分割数据:如果进行了细胞分割,相关结果通常存储在041.cellcut目录下

  3. 坐标系统:Stereoseq使用独特的坐标系统,转换为Seurat对象时需要保持坐标一致性

高级应用

对于需要自定义分析流程的用户,可以考虑:

  1. 直接从表达矩阵和坐标信息构建Seurat对象
  2. 手动添加空间信息到Seurat对象的metadata部分
  3. 使用Seurat的空间分析功能进行后续分析

总结

将Stereoseq数据转换为Seurat对象的核心在于正确处理空间信息的保留和转换。通过标准分析流程产生的.h5ad文件是最可靠的转换起点,能够确保所有空间信息完整保留。对于需要更灵活处理的用户,理解Stereoseq数据格式的特点和Seurat对象的结构是成功转换的关键。

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