Seurat对象处理Stereoseq空间转录组数据的完整指南
2025-07-02 14:15:21作者:蔡怀权
概述
Seurat作为单细胞和空间转录组数据分析的主流工具,在处理Stereoseq平台产生的空间转录组数据时需要特别注意数据格式转换问题。本文将详细介绍如何将Stereoseq数据转换为Seurat对象,并保留完整的空间信息。
Stereoseq数据格式特点
Stereoseq平台产生的原始数据通常包含以下几种文件格式:
- .gef文件:包含基因表达矩阵和空间坐标信息
- .ipr文件:包含图像信息
- .h5ad文件:分析流程产生的中间文件
数据转换方法
方法一:从.h5ad文件转换
Stereoseq分析流程会自动生成.h5ad格式文件,这是最推荐的转换起点:
- 首先使用SeuratDisk包进行格式转换
library(SeuratDisk)
Convert('data.h5ad', 'data.h5seurat')
- 加载转换后的文件
spatial_data <- LoadH5Seurat('data.h5seurat')
方法二:从原始数据构建
如果需要从更原始的.gef文件开始构建Seurat对象,需要注意:
- .gef文件本身不包含图像信息,需要与.ipr文件配合使用
- 完整的空间信息需要通过Stereoseq分析流程中的
spatialCluster
步骤整合
关键注意事项
-
图像信息处理:图像信息存储在.ipr文件中,需要确保分析流程正确整合了.gef和.ipr文件
-
细胞分割数据:如果进行了细胞分割,相关结果通常存储在
041.cellcut
目录下 -
坐标系统:Stereoseq使用独特的坐标系统,转换为Seurat对象时需要保持坐标一致性
高级应用
对于需要自定义分析流程的用户,可以考虑:
- 直接从表达矩阵和坐标信息构建Seurat对象
- 手动添加空间信息到Seurat对象的metadata部分
- 使用Seurat的空间分析功能进行后续分析
总结
将Stereoseq数据转换为Seurat对象的核心在于正确处理空间信息的保留和转换。通过标准分析流程产生的.h5ad文件是最可靠的转换起点,能够确保所有空间信息完整保留。对于需要更灵活处理的用户,理解Stereoseq数据格式的特点和Seurat对象的结构是成功转换的关键。
登录后查看全文
热门项目推荐
- QQwen3-Next-80B-A3B-InstructQwen3-Next-80B-A3B-Instruct 是一款支持超长上下文(最高 256K tokens)、具备高效推理与卓越性能的指令微调大模型00
- QQwen3-Next-80B-A3B-ThinkingQwen3-Next-80B-A3B-Thinking 在复杂推理和强化学习任务中超越 30B–32B 同类模型,并在多项基准测试中优于 Gemini-2.5-Flash-Thinking00
GitCode-文心大模型-智源研究院AI应用开发大赛
GitCode&文心大模型&智源研究院强强联合,发起的AI应用开发大赛;总奖池8W,单人最高可得价值3W奖励。快来参加吧~0266cinatra
c++20实现的跨平台、header only、跨平台的高性能http库。C++00AI内容魔方
AI内容专区,汇集全球AI开源项目,集结模块、可组合的内容,致力于分享、交流。02- HHunyuan-MT-7B腾讯混元翻译模型主要支持33种语言间的互译,包括中国五种少数民族语言。00
GOT-OCR-2.0-hf
阶跃星辰StepFun推出的GOT-OCR-2.0-hf是一款强大的多语言OCR开源模型,支持从普通文档到复杂场景的文字识别。它能精准处理表格、图表、数学公式、几何图形甚至乐谱等特殊内容,输出结果可通过第三方工具渲染成多种格式。模型支持1024×1024高分辨率输入,具备多页批量处理、动态分块识别和交互式区域选择等创新功能,用户可通过坐标或颜色指定识别区域。基于Apache 2.0协议开源,提供Hugging Face演示和完整代码,适用于学术研究到工业应用的广泛场景,为OCR领域带来突破性解决方案。00- HHowToCook程序员在家做饭方法指南。Programmer's guide about how to cook at home (Chinese only).Dockerfile06
- PpathwayPathway is an open framework for high-throughput and low-latency real-time data processing.Python00
热门内容推荐
最新内容推荐
项目优选
收起

OpenHarmony documentation | OpenHarmony开发者文档
Dockerfile
139
1.91 K

deepin linux kernel
C
22
6

Nop Platform 2.0是基于可逆计算理论实现的采用面向语言编程范式的新一代低代码开发平台,包含基于全新原理从零开始研发的GraphQL引擎、ORM引擎、工作流引擎、报表引擎、规则引擎、批处理引引擎等完整设计。nop-entropy是它的后端部分,采用java语言实现,可选择集成Spring框架或者Quarkus框架。中小企业可以免费商用
Java
8
0

React Native鸿蒙化仓库
C++
192
273

🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统
Vue
923
551

旨在打造算法先进、性能卓越、高效敏捷、安全可靠的密码套件,通过轻量级、可剪裁的软件技术架构满足各行业不同场景的多样化要求,让密码技术应用更简单,同时探索后量子等先进算法创新实践,构建密码前沿技术底座!
C
421
392

openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management system
C++
145
189

为非计算机科班出身 (例如财经类高校金融学院) 同学量身定制,新手友好,让学生以亲身实践开源开发的方式,学会使用计算机自动化自己的科研/创新工作。案例以量化投资为主线,涉及 Bash、Python、SQL、BI、AI 等全技术栈,培养面向未来的数智化人才 (如数据工程师、数据分析师、数据科学家、数据决策者、量化投资人)。
Jupyter Notebook
74
64

本仓将收集和展示高质量的仓颉示例代码,欢迎大家投稿,让全世界看到您的妙趣设计,也让更多人通过您的编码理解和喜爱仓颉语言。
Cangjie
344
1.3 K

Elasticsearch
国内Top1 elasticsearch搜索引擎框架es ORM框架,索引全自动智能托管,如丝般顺滑,与Mybatis-plus一致的API,屏蔽语言差异,开发者只需要会MySQL语法即可完成对Es的相关操作,零额外学习成本.底层采用RestHighLevelClient,兼具低码,易用,易拓展等特性,支持es独有的高亮,权重,分词,Geo,嵌套,父子类型等功能...
Java
36
8