GraphWaveMachine 项目教程

1. 项目的目录结构及介绍

GraphWaveMachine/
├── data/
│   └── food_edges.csv
├── output/
├── src/
│   ├── __init__.py
│   ├── graphwave.py
│   └── main.py
├── LICENSE
├── README.md
└── graphwave.png

• data/: 存放输入数据文件的目录，默认包含一个示例数据文件 food_edges.csv。
• output/: 存放输出结果的目录。
• src/: 项目的主要代码目录，包含以下文件：
  • __init__.py: 初始化文件。
  • graphwave.py: 实现 GraphWave 算法的核心代码。
  • main.py: 项目的启动文件，负责处理命令行参数并调用 GraphWave 算法。
• LICENSE: 项目的许可证文件，采用 GPL-3.0 许可证。
• README.md: 项目的说明文档。
• graphwave.png: 项目相关的图片文件。

2. 项目的启动文件介绍

src/main.py

main.py 是项目的启动文件，负责处理命令行参数并调用 GraphWave 算法。以下是该文件的主要功能：

• 命令行参数解析: 通过 argparse 模块解析用户输入的命令行参数，包括输入数据文件路径、输出文件路径、算法参数等。
• 数据加载: 从指定的输入文件中加载图数据。
• GraphWave 算法调用: 调用 graphwave.py 中的 GraphWave 类，执行节点嵌入计算。
• 结果保存: 将计算得到的节点嵌入结果保存到指定的输出文件中。

使用示例

$ python src/main.py --input data/food_edges.csv --output output/embedding.csv

该命令将使用默认参数对 data/food_edges.csv 中的图数据进行节点嵌入计算，并将结果保存到 output/embedding.csv 文件中。

3. 项目的配置文件介绍

GraphWaveMachine 项目没有传统的配置文件（如 .ini 或 .yaml 文件），而是通过命令行参数来配置算法的运行参数。以下是主要的命令行参数及其默认值：

• --input STR: 输入数据文件路径，默认值为 data/food_edges.csv。
• --output STR: 输出结果文件路径，默认值为 output/embedding.csv。
• --mechanism STR: 波形生成方法，默认值为 exact。
• --heat-coefficient FLOAT: 热核系数，默认值为 1000.0。
• --sample-number INT: 特征函数采样数量，默认值为 50。
• --approximation INT: Chebyshev 多项式的阶数，默认值为 100。
• --step-size INT: 采样步长，默认值为 20。
• --switch INT: 当图的大小超过此值时，算法切换到近似模式，默认值为 100。

配置示例

$ python src/main.py --input data/company_edges.csv --output output/company_embedding.csv --sample-number 128

该命令将使用 data/company_edges.csv 作为输入数据，计算 128 维的节点嵌入，并将结果保存到 output/company_embedding.csv 文件中。