StarDist 项目安装与使用指南
2024-09-13 13:54:27作者:吴年前Myrtle
1. 项目介绍
StarDist 是一个基于深度学习的细胞/核检测和分割方法,适用于 2D 和 3D 显微镜图像。它特别适用于密集排列的对象,如细胞核。StarDist 的核心思想是使用星形凸多边形来表示对象的形状,从而实现高效的检测和分割。
StarDist 提供了 Python 实现,并且支持在 ImageJ/Fiji、Napari、QuPath 和 Icy 等图像处理软件中使用。项目的主要贡献者包括 Uwe Schmidt、Martin Weigert 等人。
2. 项目快速启动
2.1 安装
首先,确保你已经安装了 Python 3.6 或更高版本。然后,按照以下步骤安装 StarDist:
-
安装 TensorFlow: StarDist 依赖于 TensorFlow,因此需要先安装 TensorFlow。你可以选择安装 TensorFlow 1 或 TensorFlow 2。
# 安装 TensorFlow 2 pip install tensorflow # 或者安装 TensorFlow 1 pip install tensorflow==1.15
-
安装 StarDist: 根据你安装的 TensorFlow 版本,选择相应的 StarDist 安装命令。
# 如果安装了 TensorFlow 2 pip install stardist # 如果安装了 TensorFlow 1 pip install "stardist[tf1]"
2.2 使用示例
以下是一个简单的示例,展示如何使用 StarDist 进行 2D 图像的细胞核检测和分割。
from stardist.models import StarDist2D
from stardist.data import test_image_nuclei_2d
from stardist.plot import render_label
from csbdeep.utils import normalize
import matplotlib.pyplot as plt
# 加载预训练模型
model = StarDist2D.from_pretrained('2D_versatile_fluo')
# 加载测试图像
img = test_image_nuclei_2d()
# 进行预测
labels, _ = model.predict_instances(normalize(img))
# 可视化结果
plt.subplot(1, 2, 1)
plt.imshow(img, cmap="gray")
plt.axis("off")
plt.title("输入图像")
plt.subplot(1, 2, 2)
plt.imshow(render_label(labels, img=img))
plt.axis("off")
plt.title("预测结果")
plt.show()
3. 应用案例和最佳实践
3.1 应用案例
StarDist 广泛应用于生物医学图像分析领域,特别是在细胞核检测和分割任务中。以下是一些典型的应用案例:
- 细胞核检测:在荧光显微镜图像中自动检测和分割细胞核。
- 组织病理学分析:在组织病理学图像中进行细胞核实例分割和分类。
- 时间序列分析:在时间序列图像中跟踪细胞核的运动和变化。
3.2 最佳实践
- 数据准备:确保训练数据的质量和多样性,使用高质量的标注数据进行模型训练。
- 模型选择:根据具体的应用场景选择合适的预训练模型,或者根据需要训练自定义模型。
- 参数调优:根据图像的特性和任务需求,调整模型的参数以获得最佳性能。
4. 典型生态项目
StarDist 作为一个开源项目,与其他图像处理和分析工具紧密集成,形成了丰富的生态系统。以下是一些典型的生态项目:
- ImageJ/Fiji:提供了 StarDist 的插件,可以直接在 ImageJ/Fiji 中使用 StarDist 进行细胞核检测和分割。
- Napari:一个基于 Python 的多维图像查看器,支持 StarDist 插件,适用于 2D 和 3D 图像分析。
- QuPath:一个开源的病理学图像分析工具,支持 StarDist 2D 模型,用于细胞核检测和分割。
- Icy:一个开源的生物图像分析平台,提供了 StarDist 2D 插件,适用于细胞核检测任务。
通过这些生态项目,StarDist 可以与现有的图像处理工作流无缝集成,提供强大的细胞核检测和分割功能。
登录后查看全文
热门项目推荐
cherry-studio
🍒 Cherry Studio 是一款支持多个 LLM 提供商的桌面客户端TypeScript038RuoYi-Vue3
🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统Vue0410arkanalyzer
方舟分析器:面向ArkTS语言的静态程序分析框架TypeScript040GitCode百大开源项目
GitCode百大计划旨在表彰GitCode平台上积极推动项目社区化,拥有广泛影响力的G-Star项目,入选项目不仅代表了GitCode开源生态的蓬勃发展,也反映了当下开源行业的发展趋势。03CS-Books
🔥🔥超过1000本的计算机经典书籍、个人笔记资料以及本人在各平台发表文章中所涉及的资源等。书籍资源包括C/C++、Java、Python、Go语言、数据结构与算法、操作系统、后端架构、计算机系统知识、数据库、计算机网络、设计模式、前端、汇编以及校招社招各种面经~012openGauss-server
openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management systemC++0145
热门内容推荐
1 freeCodeCamp JavaScript高阶函数中的对象引用陷阱解析2 freeCodeCamp全栈开发课程中测验游戏项目的参数顺序问题解析3 freeCodeCamp音乐播放器项目中的函数调用问题解析4 freeCodeCamp 课程中关于角色与职责描述的语法优化建议 5 freeCodeCamp博客页面工作坊中的断言方法优化建议6 freeCodeCamp猫照片应用教程中的HTML注释测试问题分析7 freeCodeCamp论坛排行榜项目中的错误日志规范要求8 freeCodeCamp英语课程视频测验选项与提示不匹配问题分析9 freeCodeCamp课程页面空白问题的技术分析与解决方案10 freeCodeCamp课程视频测验中的Tab键导航问题解析
最新内容推荐
Visual-RFT项目中模型路径差异的技术解析 Microcks在OpenShift上部署Keycloak PostgreSQL的权限问题解析 Beyla项目中的HTTP2连接检测问题解析 RaspberryMatic项目中HmIP-BWTH温控器假期模式设置问题分析 Lets-Plot 库中条形图标签在坐标轴反转时的定位问题解析 BedrockConnect项目版本兼容性问题解析与解决方案 LiquidJS 10.21.0版本新增数组过滤功能解析 Mink项目中Selenium驱动切换iframe的兼容性问题分析 Lichess移动端盲棋模式字符串优化解析 sbctl验证功能JSON输出问题解析
项目优选
收起

🔥LeetCode solutions in any programming language | 多种编程语言实现 LeetCode、《剑指 Offer(第 2 版)》、《程序员面试金典(第 6 版)》题解
Java
51
15

🎉 (RuoYi)官方仓库 基于SpringBoot,Spring Security,JWT,Vue3 & Vite、Element Plus 的前后端分离权限管理系统
Vue
559
410

React Native鸿蒙化仓库
C++
124
207

openGauss kernel ~ openGauss is an open source relational database management system
C++
74
145

🍒 Cherry Studio 是一款支持多个 LLM 提供商的桌面客户端
TypeScript
426
38

前端智能化场景解决方案UI库,轻松构建你的AI应用,我们将持续完善更新,欢迎你的使用与建议。
官网地址:https://matechat.gitcode.com
693
91

旨在打造算法先进、性能卓越、高效敏捷、安全可靠的密码套件,通过轻量级、可剪裁的软件技术架构满足各行业不同场景的多样化要求,让密码技术应用更简单,同时探索后量子等先进算法创新实践,构建密码前沿技术底座!
C
98
253

本仓将收集和展示高质量的仓颉示例代码,欢迎大家投稿,让全世界看到您的妙趣设计,也让更多人通过您的编码理解和喜爱仓颉语言。
Cangjie
298
1.03 K

Dora SSR 是一款跨平台的游戏引擎,提供前沿或是具有探索性的游戏开发功能。它内置了Web IDE,提供了可以轻轻松松通过浏览器访问的快捷游戏开发环境,特别适合于在新兴市场如国产游戏掌机和其它移动电子设备上直接进行游戏开发和编程学习。
C++
20
4

🔥🔥超过1000本的计算机经典书籍、个人笔记资料以及本人在各平台发表文章中所涉及的资源等。书籍资源包括C/C++、Java、Python、Go语言、数据结构与算法、操作系统、后端架构、计算机系统知识、数据库、计算机网络、设计模式、前端、汇编以及校招社招各种面经~
91
11