AlphaFold PyTorch 项目使用教程

1. 项目的目录结构及介绍

alphafold_pytorch/
├── LICENSE
├── README.md
├── alphafold.py
├── alphafold.sh
├── dataset.py
├── feature.py
├── feature.sh
├── network.py
├── plmDCA.m
├── utils.py
└── test_data/
    ├── test_out/
    └── ...

• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目说明文档。
• alphafold.py: 项目主文件，包含主要的逻辑和功能。
• alphafold.sh: 启动脚本，用于运行整个Distogram预测系统。
• dataset.py: 数据集处理相关功能。
• feature.py: 特征提取相关功能。
• feature.sh: 特征提取脚本。
• network.py: 神经网络模型定义。
• plmDCA.m: 与plmDCA相关的MATLAB脚本。
• utils.py: 工具函数集合。
• test_data/: 测试数据目录，包含测试输出等。

2. 项目的启动文件介绍

alphafold.sh

alphafold.sh 是一个启动脚本，用于运行整个Distogram预测系统。可以通过修改脚本中的关键词如 TARGET 和 TARGET_FILE 来运行其他目标的预测。

使用方法：

./alphafold.sh

详细使用方法可以通过以下命令查看：

python alphafold.py -h

3. 项目的配置文件介绍

项目中没有明确的配置文件，但可以通过修改 alphafold.py 和 alphafold.sh 中的参数来配置运行时的行为。例如，可以在 alphafold.sh 中修改 TARGET 和 TARGET_FILE 来指定不同的预测目标。

---

以上是基于 https://github.com/Urinx/alphafold_pytorch.git 项目的使用教程，希望对您有所帮助。